Ovito 操作(一)

最新推荐文章于 2024-09-26 17:05:31 发布
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python识别ovito中的位错，并统计长度，改进版提升运行速度
wcget123的博客
12-25 3576
要在Python中识别OVITO（The Object-Oriented Visualization Toolkit）中的位错，您可以使用OVITO的Python API来进行位错分析。OVITO是一个科学可视化和分析软件，用于原子尺度的模拟数据，如分子动力学或蒙特卡罗模拟。: 分析完成后，您可以提取位错数据，如位错线的位置、类型等。函数加载您的模拟数据，这些数据可能是原子坐标文件，如LAMMPS的输出文件。: 首先，确保您的系统中安装了OVITO。: 在您的Python脚本中，导入必要的OVITO模块。
Ovito教程：高清大图渲染方法
lammps_jiayou的博客
09-14 5930
ovito一共有两个版本：免费的basic和收费的pro版本，在免费的版本中，仅包含一种图片渲染方法：OpenGL，这种方法导出的图片不是很清晰。
ovito手册与总结
04-23
ovito手册与总结PDF版，ovito简单入门 ovito是DXA的升级版
Ovito渲染技巧之体系边界识别
Rockyoung
05-14 2535
液滴边界识别
ovito中文手册与总结.pdf
09-28
ovito 意即 the open Visualization tool，可以对分子动力学结果进行显示与分析。它的设 计思想是“修正通道”，从导入的数据出发，经过一个个的“修正”，最终成为想要的显示。 ovito 最重要的功能是显示和分析“单粒子属性”，如单个粒子的位置、速度、应力等，并且能处理任意数目的属性，包括标量属性、矢量属性和矩阵属性。
ovito-basic-3.1.1-win64_lammps_lammps后处理_ovito后处理_ovito后处理_ovito
10-04
OVITO（Open Visualization Tool）是一款强大的分子动力学模拟数据后处理软件，专为科学计算领域设计，特别是针对LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）这样的分子动力学模拟程序。...
Ovito可渲染版本（2.9.0 window64）
05-11
此资源提供了Ovito的2.9.0版本，特别强调了其在Windows 64位操作系统上的渲染功能，以及集成的Python界面，使得用户能够更加便捷地进行数据分析和操作。 首先，Ovito的渲染能力是其核心亮点之一。它支持高质量的3D...
[lammps教程]OVITO绘制原子运动轨迹线
weixin_44873868的博客
09-09 1660
一区Script Materialia期刊：多主元素合金中的短程有序域扩散一文，研究了CrCoNi合金和MoNbTa合金中原子的扩散过程，文中有出现如下图所示的原子运动轨迹线。7，选择Generate trajectory lines,选择加载的原子轨迹为5000帧，加载完之后在Tracjectory display中修改轨迹的颜色以及线宽，如下。由于所选择的原子并非在原子表面移动，所以，根据实际情况而定，这样就初步得到3个不同颜色的原子轨迹。2、选择该原子模型的某一面，我选择的视角为(left)
保姆级教程 | ovito背景由黑到白
baguette的博客
07-11 3541
1. 在ovito中打开轨迹文件。4. 即可显示为白色背景。话不多说，直接上步骤。
【免费下载】 OVITO中文手册与总结
gitblog_06628的博客
09-26 2869
OVITO中文手册与总结 【下载地址】OVITO中文手册与总结 本仓库提供了一个名为“ovito中文手册与总结.pdf”的资源文件下载。该文件详细介绍了OVITO（Open Visualization Tool）的使用方法和功能总结 ...
分子模拟—Ovito渲染案例教程
Rockyoung
03-05 6155
Ovito渲染案例教程，采用Ovito对Lammps的轨迹文件进行处理和渲染。
[lammps教程]OVITO绘制原子应力云图
热门推荐
m0_60787307的博客
04-10 1万+
在我们用分子动力学模拟力学性能时，应力应变云图是我们模拟结果中常常出现的，如下图为分子动力学的铜铅合金拉伸变形特性的研究一文中铜铅合金剪应力云图，本文介绍如何利用OVITO软件绘制原子应力云图。 图参考自：韩浏淼. 基于分子动力学的铜铅合金拉伸变形特性的研究[D].哈尔滨工业大学,2018. 具体步骤 1.导入dump文件 在OVITO软件中导入我们的结果dump文件。 2.Add modification--Atomic strain 3.Add m...
lammps教程：Ovito选择特定晶粒的方法
lammps_jiayou的博客
02-24 2711
在多晶的lammps模拟中，可能会对某一个特定晶粒的变形情况进行分析，此时，需要找到这个晶粒，并进行单独分析。ovito有专用的晶粒识别命令，并把每一个晶粒进行独立编号，通过这个编号，我们就可以找到任意的晶粒。表示选择晶粒编号为1的原子，设置不同的值可选择不同的晶粒。
[lammps教程]OVITO输出RDF
m0_60787307的博客
05-25 1万+
近期，许多小伙伴咨询小编如何进行径向分布函数分析，如湖南大学材料科学与工程学院刘海蓉老师课题组发表在物理学报的一文：《冷速对液态金属Mg凝固过程中微观结构演变的影响》中，通过对金属Mg在不同温度下的径向分布函数（RDF）分析，表征液态金属Mg凝固过程的结构演变，如下图文中的液态金属 Mg 在不同冷却速度下凝固的双体分布函数 g(r) 曲线： 图参考自：吴博强，刘海蓉，刘让苏. 冷速对液态金属Mg凝固过程中微观 结构演变的影响. 物理学报，2017. 小编之前出过一期利用命令输出RDF数据的教...
保姆级教程 | ovito调整原子透明度并介绍导出的三种办法
baguette的博客
08-24 3930
不过效果其实也一般）选中想要导出的视角（ovito里直接点击对应区域即可，边框会变成黄色），点击左上角的照相机，弹出的窗口里我研究明白的功能已经标注了，按照123流程即可，另一个没打框的图标是直接。1. 获得lammps模拟完成后的xyz文件（格式如下），可使用vmd或者ovito软件查看模拟的原子轨迹图像（这里注意每一帧的红框内数值要和后面的原子总数目一一对应，如果有删减原子记得修改）导入模型后，点击右侧“Add modification...”，选择“Select type”选项，在右下方选择框。
lammps教程：Ovito计算RDF方法
lammps_jiayou的博客
05-29 3124
默认情况下，ovito会给出所有原子对的rdf，如果仅需要个别原子的rdf，可以先使用“select type”命令选择特定原子，然后再选择“coordination analysis”如下图仅计算了1-1的rdf。ovito计算rdf比较方便，但也有个缺点，只能输出某一帧的rdf值，无法对一定步数内rdf值进行平均（pro版本可以），如需平均值，可选择之前介绍的计算方法。Number of histogram bins：计算rdf时分的块数为100上图中的参数和下面的lammps命令是等效的。
ovito
最新发布
04-03
### Ovito 软件简介 Ovito 是一款用于可视化和分析材料科学模拟数据的强大工具[^6]。它支持多种输入文件格式，能够处理分子动力学、蒙特卡罗模拟以及有限元方法产生的数据。通过直观的图形界面，用户可以轻松创建高质量的三维渲染图像和动画。 以下是关于 Ovito 的一些核心功能： #### 数据导入与兼容性 Ovito 支持广泛的文件格式，包括但不限于 LAMMPS dump 文件、VTK 格式、XYZ 坐标文件等[^7]。这种灵活性使得研究人员可以从不同的仿真程序中无缝加载数据集并进行后续操作。 #### 可视化特性 利用内置模块，Ovito 提供了丰富的粒子着色方案、相机控制选项以及动态轨迹追踪能力[^8]。这些特性极大地增强了复杂结构的理解过程，并允许科学家们探索微观世界中的各种现象。 #### 自定义脚本扩展 对于高级需求而言，Ovito 还提供了 Python API 接口来增强其功能性[^9]。下面是一个简单的例子展示如何通过编写自定义脚本来修改原子颜色属性: ```python from ovito.data import * import numpy as np def modify(frame, data): # Access particle types array. type_array = data.particles_.particle_types.type_ids_ # Create new color property based on atom types. colors_ = np.zeros((len(type_array), 3)) colors_[type_array == 1] = (1.0, 0.0, 0.0) # Red for Type 1 atoms colors_[type_array == 2] = (0.0, 1.0, 0.0) # Green for Type 2 atoms data.particles_.create_property('Color', data=colors_) ``` 此代码片段展示了如何基于不同类型的原子分配特定的颜色值给它们。 ---
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