利用leafcutter做可变剪切（新手向）

本文参考于生信技能树
利用leafcutter做可变剪切需要的材料是RNA-seq流程中所获得的bam类型的文件
首先是软件的安装：
1.源代码下载
git clone https://github.com/davidaknowles/leafcutter
#这条命令下载该软件的源代码，需要修改里面的一个脚本 scripts/bam2junc.sh 把软件路径增添进去即可，并将该软件路径添加到环境变量中
2.软件安装：
由于该软件是一个R包所以可以直接在R中安装这个包：
if (!require(“devtools”))
install.packages(“devtools”, repos=‘http://cran.us.r-project.org’)
devtools::install_github(“davidaknowles/leafcutter/leafcutter”)
另外也可以使用conda安装：
conda install -y -c davidaknowles r-leafcutter（我没成功）

正式流程
1.将bam文件转换位junc类型的文件：
*ls .bam >bam_dir.txt #构建bam的路径文件
cat bam_dir.txt|while read id; do file=$(basename $i</$