Nature Cancer | 基于多模态数据和可解释人工智能解码泛癌治疗结果

尽管现代医疗保健中每位患者都有大量的多模态临床数据,但个性化医疗的目标尚未实现。单个标志物的研究无法充分揭示决定患者预后的患者特异性和肿瘤特异性变量之间的复杂相互作用。一种有前景的策略是整合来自多个来源的临床数据,例如病史、实验室检测结果、影像数据和组学分析。机器学习的进步以及可数字化获取的数据日益增多,使得大规模建模预后标志物之间的复杂关系成为可能。最近用于理解此类模型决策的方法,即所谓的可解释人工智能(xAI),使得评估个体患者的预后并揭示每个变量的贡献成为可能。

2025年1月30日,德国埃森大学医院的 Julius KeylPhilipp Keyl 等研究人员在《Nature Cancer》发表了一篇题为”Decoding pan-cancer treatment outcomes using multimodal real-world data and explainable artificial intelligence”的研究。针对精准肿瘤学中面临的困境即临床决策仍然依赖于有限的变量和专家知识,研究人员将多模态数据和xAI结合起来,引入人工智能衍生(AID)标记物,用于临床决策支持。研究人员使用深度神经网络对38种实体肿瘤的15,726名经过系统治疗的患者的预后结果进行建模,并基于350个标志物,包括临床记录、CT图像来源的身体组分和肿瘤突变图谱,应用xAI方法逐层相关性传播 (LRP) 来理清每条临床信息如何影响个体患者的预后(图1)。通过xAI研究人员确定了每个临床标志物在患者水平上对预后的贡献,并确定了114个关键标志物,这些标志物占神经网络决策过程的90%。此外,xAI还发现了1,373个标志物之间的预后相互作用。另外,该方法也在来自美国全国电子健康记录衍生数据库的3,288例肺癌患者的独立队列中得到了验证。该研究表明了xAI在改变临床变量评估和实现个性化、数据驱动的癌症精准治疗方面的潜力。

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图1:用于解码治疗结果的数据组成和基于xAI的工作流程概述。

如何学习大模型 AI ?

由于新岗位的生产效率,要优于被取代岗位的生产效率,所以实际上整个社会的生产效率是提升的。

但是具体到个人,只能说是:

“最先掌握AI的人,将会比较晚掌握AI的人有竞争优势”。

这句话,放在计算机、互联网、移动互联网的开局时期,都是一样的道理。

我在一线互联网企业工作十余年里,指导过不少同行后辈。帮助很多人得到了学习和成长。

我意识到有很多经验和知识值得分享给大家,也可以通过我们的能力和经验解答大家在人工智能学习中的很多困惑,所以在工作繁忙的情况下还是坚持各种整理和分享。但苦于知识传播途径有限,很多互联网行业朋友无法获得正确的资料得到学习提升,故此将并将重要的AI大模型资料包括AI大模型入门学习思维导图、精品AI大模型学习书籍手册、视频教程、实战学习等录播视频免费分享出来。

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第一阶段(10天):初阶应用

该阶段让大家对大模型 AI有一个最前沿的认识,对大模型 AI 的理解超过 95% 的人,可以在相关讨论时发表高级、不跟风、又接地气的见解,别人只会和 AI 聊天,而你能调教 AI,并能用代码将大模型和业务衔接。

  • 大模型 AI 能干什么?
  • 大模型是怎样获得「智能」的?
  • 用好 AI 的核心心法
  • 大模型应用业务架构
  • 大模型应用技术架构
  • 代码示例:向 GPT-3.5 灌入新知识
  • 提示工程的意义和核心思想
  • Prompt 典型构成
  • 指令调优方法论
  • 思维链和思维树
  • Prompt 攻击和防范

第二阶段(30天):高阶应用

该阶段我们正式进入大模型 AI 进阶实战学习,学会构造私有知识库,扩展 AI 的能力。快速开发一个完整的基于 agent 对话机器人。掌握功能最强的大模型开发框架,抓住最新的技术进展,适合 Python 和 JavaScript 程序员。

  • 为什么要做 RAG
  • 搭建一个简单的 ChatPDF
  • 检索的基础概念
  • 什么是向量表示(Embeddings)
  • 向量数据库与向量检索
  • 基于向量检索的 RAG
  • 搭建 RAG 系统的扩展知识
  • 混合检索与 RAG-Fusion 简介
  • 向量模型本地部署

第三阶段(30天):模型训练

恭喜你,如果学到这里,你基本可以找到一份大模型 AI相关的工作,自己也能训练 GPT 了!通过微调,训练自己的垂直大模型,能独立训练开源多模态大模型,掌握更多技术方案。

到此为止,大概2个月的时间。你已经成为了一名“AI小子”。那么你还想往下探索吗?

  • 为什么要做 RAG
  • 什么是模型
  • 什么是模型训练
  • 求解器 & 损失函数简介
  • 小实验2:手写一个简单的神经网络并训练它
  • 什么是训练/预训练/微调/轻量化微调
  • Transformer结构简介
  • 轻量化微调
  • 实验数据集的构建

第四阶段(20天):商业闭环

对全球大模型从性能、吞吐量、成本等方面有一定的认知,可以在云端和本地等多种环境下部署大模型,找到适合自己的项目/创业方向,做一名被 AI 武装的产品经理。

  • 硬件选型
  • 带你了解全球大模型
  • 使用国产大模型服务
  • 搭建 OpenAI 代理
  • 热身:基于阿里云 PAI 部署 Stable Diffusion
  • 在本地计算机运行大模型
  • 大模型的私有化部署
  • 基于 vLLM 部署大模型
  • 案例:如何优雅地在阿里云私有部署开源大模型
  • 部署一套开源 LLM 项目
  • 内容安全
  • 互联网信息服务算法备案

学习是一个过程,只要学习就会有挑战。天道酬勤,你越努力,就会成为越优秀的自己。

如果你能在15天内完成所有的任务,那你堪称天才。然而,如果你能完成 60-70% 的内容,你就已经开始具备成为一名大模型 AI 的正确特征了。

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<think>好的,用户现在的问题是,他的论文题目是“基于深度学习的脑肿瘤图像分割方法及实现”,但他是零基础,想知道如何完成这个论文。首先,我需要回顾之前的对话历史,看看之前用户的情况是怎样的。 之前用户提到过,他目前只有初步想法,用PyTorch搭建U-Net模型,写了开题报告文献综述,但还没有实际展开,实验结果也没出来。当时我给出的是一个分步骤的回答建议,帮助他在复试时如何回答导师的问题,突出研究思路、技术路线后续规划。现在用户的问题更基础,是零基础如何完成这个论文,所以需要从头开始指导。 首先,用户现在是零基础,可能对深度学习、医学图像分割、U-Net模型等都不太了解。所以需要制定一个从基础到进阶的学习路径,帮助他逐步掌握所需的知识技能。同时,论文的完成需要系统的步骤,包括文献调研、数据准备、模型构建、实验设计、结果分析等,这些都需要一步步来。 接下来,我需要考虑用户可能的深层需求。虽然用户直接问的是如何完成论文,但作为零基础的学生,他可能还缺乏方向感具体步骤,甚至可能对如何开始学习编程深度学习感到迷茫。因此,回答需要不仅提供步骤,还要给予学习资源推荐、时间规划建议,以及鼓励建立信心。 我需要将整个完成论文的过程分解为几个阶段,每个阶段有明确的目标任务。比如第一阶段是学习基础,第二阶段是文献调研,第三阶段是数据准备,第四阶段是模型搭建,第五阶段是实验与优化,第六阶段是论文写作。每个阶段下再细分具体的学习内容任务。 同时,用户可能需要知道每个阶段需要多长时间,如何分配时间,以及遇到困难时该如何解决。比如在学习阶段,推荐一些在线课程或书籍,帮助他快速入门PythonPyTorch。在数据准备阶段,指导如何获取公开数据集,如何处理医学图像等。 另外,用户可能会担心自己零基础是否能够完成这样的论文,所以在回答中需要强调逐步推进的重要性,避免一开始就追求复杂的模型,而是从复现经典模型开始,逐步改进。同时,提供一些实际操作的例子,比如使用Brats数据集,使用U-Net作为基线模型,这些都能帮助用户具体化任务。 还需要提醒用户注意时间管理,合理分配每个阶段的时间,避免在某个环节卡住。同时,建议用户记录实验过程结果,方便后续论文写作时的回溯分析。 最后,要确保回答结构清晰,步骤明确,让用户能够按部就班地进行,同时给予信心,说明只要按计划学习,零基础也能完成论文。此外,可以补充一些常见问题的解决方法,比如遇到代码错误如何解决,如何查找文献等,增加实用性。</think>以下是针对零基础完成“基于深度学习的脑肿瘤图像分割论文”的系统指南,按步骤分解并附学习资源建议: --- ### **一、基础能力构建(1-2个月)** #### 1. 深度学习基础 - **必学内容**: - Python编程(推荐《Python编程:从入门到实践》) - PyTorch框架(官方教程:https://pytorch.org/tutorials/) - 卷积神经网络(CNN)原理(吴恩达深度学习课程第4周) - **实践任务**: - 用PyTorch实现MNIST手写数字分类(代码示例:https://github.com/pytorch/examples/tree/main/mnist) #### 2. 医学图像基础 - **必学内容**: - MRI成像原理(推荐《医学影像处理与分析》第2章) - 脑肿瘤解剖结构(Brats数据集官网说明:https://www.med.upenn.edu/cbica/brats2023) - **工具掌握**: - 医学图像查看工具:ITK-SNAP(官网教程) - 数据格式转换:NiBabel库(处理.nii.gz文件) --- ### **二、文献调研方法(2-3周)** #### 1. 论文检索策略 - **关键检索词**: ```python ("brain tumor segmentation") AND ("U-Net" OR "attention" OR "multimodal") AND ("MRI") AND ("deep learning") ``` - **核心期刊/会议**: - 顶会:MICCAI, ISBI, CVPR-MIA - 期刊:IEEE TMI, Medical Image Analysis #### 2. 文献管理工具 - 使用Zotero管理文献,建立分类标签: ``` |-- 基础方法 | |-- U-Net变体 | |-- 注意力机制 |-- 医学应用 |-- 多模态融合 |-- 小样本学习 ``` --- ### **三、数据准备阶段(1个月)** #### 1. 数据集获取 - **公开数据集**: - Brats 2023(含多模态MRI):https://www.synapse.org/brats2023 - TCGA-GBM(需申请):https://portal.gdc.cancer.gov/ - **预处理流程**: ```python # 示例代码框架 def preprocess(nii_path): img = nib.load(nii_path) # 加载nii文件 data = img.get_fdata() data = z_score_normalize(data) # 标准化 data = elastic_transform(data) # 弹性形变增强 return data ``` #### 2. 数据划分策略 - 采用5折交叉验证(避免小样本过拟合) - 病例级划分(同一患者的不同切片必须在同一fold) --- ### **四、模型实现路线(2-3个月)** #### 1. 基线模型搭建 - **U-Net复现步骤**: 1. 参考原论文架构图(https://arxiv.org/abs/1505.04597) 2. 使用PyTorch构建编码器-解码器结构 3. 添加跳跃连接(skip connection) - **代码框架**: ```python class UNet(nn.Module): def __init__(self): super().__init__() self.down1 = ConvBlock(4,64) # 输入通道=4(多模态) self.down2 = DownSample(64,128) # ... 中间层定义 self.up1 = UpSample(256,128) def forward(self, x): x1 = self.down1(x) x2 = self.down2(x1) # ... 下采样过程 return output ``` #### 2. 改进方案(选择1-2个方向) - **轻量化改进**: - 用深度可分离卷积替换常规卷积(减少参数量30%+) - 代码修改示例: ```python # 原卷积层 self.conv = nn.Conv2d(in_c, out_c, 3, padding=1) # 改进为 self.conv = nn.Sequential( nn.Conv2d(in_c, in_c, 3, groups=in_c, padding=1), # 深度卷积 nn.Conv2d(in_c, out_c, 1) # 逐点卷积 ) ``` - **性能提升改进**: - 在跳跃连接处添加注意力门控(AG-Net) - 参考代码:https://github.com/ozan-oktay/Attention-Gated-Networks --- ### **五、实验设计要点** #### 1. 评价指标选择 - **核心指标**: - Dice系数(肿瘤区域重叠度) - Hausdorff距离(边界贴合度) - 敏感度(小肿瘤检出率) - **计算示例**: ```python def dice_coeff(pred, target): intersection = (pred * target).sum() return (2. * intersection) / (pred.sum() + target.sum()) ``` #### 2. 对比实验设计 - **基线对比**: | 方法 | Dice(WT) | HD95(mm) | 参数量(M) | |-----------------|----------|----------|----------| | 经典U-Net | 0.78 | 8.2 | 31.0 | | 本文方法 | 0.83 | 6.1 | 28.5 | --- ### **六、论文写作规划** #### 1. 章节框架建议 ``` 第1章 引言(突出临床价值:脑肿瘤放疗靶区勾画需求) 第2章 相关工作(对比FCN、V-Net等方法的局限性) 第3章 方法(重点讲解改进模块的数学表达) 第4章 实验(消融实验+对比实验+临床医生评估) 第5章 结论(强调方法的化性:在XXX数据集上的迁移结果) ``` #### 2. 图表制作技巧 - 模型结构图:使用PowerPoint绘制(参考Nature期刊图示规范) - 结果可视化:用ITK-SNAP叠加预测结果与金标准 --- ### **七、时间管理建议** | 阶段 | 时间节点 | 交付物 | |--------------|------------|--------------------------| | 基础学习 | 第1-2个月 | MNIST分类代码 | | 文献综述 | 第3个月 | 研究现状对比表格 | | 模型开发 | 第4-6个月 | 消融实验数据 | | 论文撰写 | 第7-8个月 | 初稿+图表 | | 修改完善 | 第9-10个月 | 查重报告+实验补充 | --- ### **关键问题应对策略** 1. **代码报错**: - 优先查看PyTorch官方文档 - 在GitHub Issues中搜索同类问题(如:"size mismatch error U-Net") 2. **实验效果差**: - 检查数据预处理是否一致 - 尝试降低学习率(如从1e-3调整到1e-4) 3. **写作困难**: - 使用Overleaf模板(如:IEEE Access Latex模板) - 先完成图表再填充文字 --- 只要按照这个路线坚持推进,每天保持3小时有效学习时间,零基础完全可以在10-12个月内完成论文。建议在GitHub建立私有仓库管理代码,用Notion记录每日进展。遇到具体技术问题时可再深入讨论。
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