CUDA:对齐和未对齐结构之间的巨大访问速度差距实例编程

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CUDA程序中,对数据结构的对齐方式直接影响访问速度。通过对齐和未对齐结构体数组进行总和计算的实例,展示了两者之间显著的性能差距。对齐结构能提升内存读写效率,而未对齐结构因内存访问不连续导致速度下降,强调在CUDA编程中考虑数据结构对齐的重要性。

CUDA:对齐和未对齐结构之间的巨大访问速度差距实例编程

在CUDA编程中,对数据结构的对齐方式会对访问速度产生重要影响。对齐结构是指结构体中的成员按照特定的边界对齐存储,而未对齐结构则没有按照特定的边界进行对齐存储。本文将通过一个实例来展示对齐和未对齐结构之间的巨大访问速度差距,并提供相应的源代码。

下面是一个示例程序,用于计算一个包含大量向量的结构体数组的总和:

#include <cuda_runtime.h>
#include <stdio.h>

struct Vector3 {
    float x;
    float y;
    float z;
};

__global__ void sumVectors(Vector3* vectors, int numVectors) {
    int tid = blockIdx.x * blockDim.x + threadIdx.x;
    float sum = 0.0f;

    if (tid < numVectors) {
        sum = vectors[tid].x + vectors[tid].y + vectors[tid].z;
    }

    // 等待所有线程完成计算
    __syncthreads();

    // 使用原子操作对总和进行累加
    atomicAdd(&vectors[0].x, sum);
}

int main() {
    int numVectors = 1000000;
    int numThreadsPerBlock = 256;
    int numBlo
复杂几何的多球近似MATLAB类及多球模型的比较 MATLAB类Approxi提供了一个框架,用于使用具有迭代缩放的聚集球体模型来近似解剖体积模型,以适应目标体积模型比较。专为骨科、生物力学计算几何应用而开发。 MATLAB class for multi-sphere approximation of complex geometries and comparison of multi-sphere models 主要特点: 球体模型生成 1.多球体模型生成:与Sihaeri的聚集球体算法的接口 2.音量缩放 基于体素的球体模型参考几何体的交集。 迭代缩放球体模型以匹配目标体积。 3.模型比较:不同模型体素占用率的频率分析(多个评分指标) 4.几何分析:原始曲面模型球体模型之间的顶点到最近邻距离映射(带颜色编码结果)。 如何使用: 1.代码结构:Approxi类可以集成到相应的主脚本中。代码的关键部分被提取到单独的函数中以供重用。 2.导入:将STL(或网格)导入MATLAB,并确保所需的函数,如DEM clusteredSphere(populateSpheres)inpolyhedron,已添加到MATLAB路径中 3.生成多球体模型:使用DEM clusteredSphere方法从输入网格创建多球体模型 4.运行体积交点:计算多球体模型参考几何体之间的基于体素的交点,并调整多球体模型以匹配目标体积 5.比较可视化模型:比较多个多球体模型的体素频率,并计算多球体模型与原始表面模型之间的距离,以进行2D/3D可视化 使用案例: 骨科生物力学体积建模 复杂结构的多球模型形状近似 基于体素拟合度量的模型选择 基于距离的患者特定几何形状近似值分析 优点: 复杂几何的多球体模型 可扩展模型(基于体素)-自动调整到目标体积 可视化就绪输出(距离图)
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