Linux 下用R语言打开hdf5(.h5)文件异常的解决方案

最新推荐文章于 2025-07-21 16:37:43 发布

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#r语言

本文介绍了解决在Linux系统中使用rhdf5和hdf5r包读取大型h5格式文件遇到的问题。针对无法打开文件的错误，通过修改用户的.bashrc配置文件，设置环境变量HDF5_USE_FILE_LOCKING和RHDF5_USE_FILE_LOCKING为FALSE，最终成功解决了读取h5文件的问题。

6月10日从GEO数据库下载了作者上传的表达矩阵h5格式文件，需用从中提取出表达矩阵然后重构Seurat分析对象；该exp_matrix.hdf5文件在我的Window系统上，可以通过rhdf5::H5Fopen和hdf5r::H5File$new两种方法打开读取文件内容。但是由于文件太大，有6个G，在我24G内存的Windows系统上没办法完全加载出矩阵。于是就把文件上传到服务器集群进行处理，以同样的方式尝试打开exp_matrix.hdf5文件，碰到了以下问题：

1.rhdf5::H5Fopen函数打开error：

data.h5 <- H5Fopen(name = "exp_matrix.hdf5")
Error in H5Fopen(name = "exp_matrix.hdf5",  : 
  HDF5. File accessibility. Unable to open file.

2.hdf5r::H5File$new函数打开error：

hdf5r::H5File$new("exp_matrix.hdf5", mode="r")
Error in H5File.open(filename, mode, file_create_pl, file_access_pl) : 
  HDF5-API Errors:
    error #000: H5F.c in H5Fopen(): line 620: unable to open file
        class: HDF5
        major: File accessibility
        minor: Unable to open file

    error #001: H5VLcallback.c in H5VL_file_open(): line 3501: failed to iterate over availabl