Muscles|Tissue —— Workflow

TCGA数据下载避坑指南:R语言TCGAbiolinks包实战常见错误与解决方案 肿瘤组学数据挖掘是生物信息学研究的重要方向,TCGA作为全球最大的癌症基因组数据库,为研究者提供了海量多组学数据。如何高效获取并整理这些数据,是开展差异分析、生存分析等下游研究的基础。R语言中的TCGAbiolinks包基于Bioconductor生态,提供了一整套数据查询、下载与预处理工具,但实际应用中常因包名混淆、查询参数不匹配、下载中断等问题导致流程受阻。针对转录组表达谱获取这一高频场景,理解GDC的数据层级结构、harmonized数据版本以及表达量类型(counts/TPM/FPKM)的选择原则, 阅读详情

目录

Muscles pass

Tissue pass

Skin pass

Simulation transfer


Muscles pass

        Muscles & Tissue的第一阶段内,为模拟创建muscle pass,会创建solid肌肉几何体(用动画骨骼移动和弯曲),然后驱动下游组织的大部分变形(point deforms);

导入static muscle surfaces,animated bone surfaces、static t-pose bone surfaces

  • muscle surface应是无洞或桥不交叉的多边形几何体(真实世界比例);

命名muscles

  • 在四面体化前,每个muscle都需有muscle_id属性;

移除任何不需要的几何体组(可选)

  • 如使用组去选择muscle surface,不再需要这些组应移除;

为bone surface设置t-pose

  • Set T-pose SOP(即Rest Position SOP)创建tpose点属性;

外部三角化muscle(可选)

  • skin surface在四面体化前需三角化,传统上在Muscle Solidify SOP节点使用Remesh Surface参数设置;
  • 为更加控制,可在外部使用Remesh SOP节点;

三角化然后四面体化muscle surfaces

  • 使用Muscle Solidify SOP节点;
  • 实体muscle没有一个外部的多边形surface,会在解算器中实时创建(仅在被滑动约束要求下);
  • 注,此节点后不要在插入节点来改变点位置;

Groom muscle fiber diection

  • 当肌肉弯曲flex时,会在该矢量方向收缩;fiber vector会定义肌肉局部轴的方向;
  • 方向会存储在materialW属性上,然后被Muscle Flex SOP节点使用;

设置muscle物理特性

  • 使用Muscle Properties SOP节点;
  • 确定肌肉的物体特性如对外形变化的抗力,肌肉的僵硬或松弛,收缩或膨胀等;
    • shape stiffness,保持原始形状的刚性;
    • damping ratio,肌肉外形变化的多快;
    • Mass Density,确定四面体数量是否影响其在模拟中的整体质量或外观;
    • fiber stength,决定肌肉受挤压的强度;
    • fiber damping,控制肌肉收缩的速度;
    • fiber scale range,定义肌肉张力的最小/最大阈值;
    • fiber volume scale,控制当完全收缩时应用到四面体的volume scale力;
    • tendon stiffness,确定应用到shape stiffness的缩放因子;
    • tendon mask radius,定义tendon区域;
    • thickness threshold,定义tendon stiffness阈值,高于阈值视为belly,低于阈值视为tendon;

Preroll the bone surfaces

  • 使用Muscle Preroll SOP节点,从tpose到起始状态的变换存储于detail的preroll_属性;

设置muscle约束特性

  • 使用Muscle Constraint Properties Vellum SOP节点;
  • 为肌肉创建和配置约束,将肌肉附着于骨骼或相互彼此等;

镜像muscles(可选)

  • 使用Muscle Mirror SOP节点;

绘制tissue property masks(可选)

  • 使用Muscle Paint SOP节点;

创建muscle tension lines

  • 使用Muscle Tension Lines SOP节点;
  • 肌肉激活的触发,肌肉张力的增加和减少,muscletension属性驱动肌肉的弯曲;
  • 属性autoflex_id,restlength,length,

获取preroll bone surfaces

动画muscle tension

  • 使用Muscle Flex节点;

模拟解算muscles

  • 使用Muscle Vellum Solver SOP节点;

缓存muscle解算结果

收集肌肉和骨骼

Tissue pass

        Muscles & Tissue的第二阶段内,为模拟创建tissue pass,会围绕肌肉创建填充四面体,填充core layer与tissue layer之间的间隙;tissue pass显示肌肉定义和较粗糙皮肤褶皱,下游skin pass则显示精细皮肤褶皱并为外表添加额外细节;

tissue pass包括两层,每层都是两个独立的几何体组成,每层也都有独立的物理特性和约束:

  • core layer,core solid(内部四面体),core surface(外部三角化表面);
  • tissue layer,tissue solid(内部四面体),tissue surface(外部三角化表面);

导入skin surface

  • 导入原始高精度皮肤表面几何体;

从muscle pass获取模拟muscle和动画bone surface

从muscle solid和bone surface提取t-pose

合并模拟muscle和动画bone surface

外部三角化tissue surface(可选)

  • 四面体化前需三角化tissue surface,传统上是在Tissue Solidify SOP上使用remesh surface参数设置;为更加控制,可在外部使用Remesh SOP节点;
  • 使用Attribute Paint SOP、Attribute Remap SOP控制size;
  • 最后删除这些不必要的属性;

三角化tissue surface并四面体化

  • 使用Tissue Solidify SOP节点;

缓存tissue几何体(可选)

绘制tissue  property mask(可选)

设置tissue properties

  • 使用Tissue Properties SOP节点;

使tissue的区域rigid(可选)

  • 使用Group Create SOP节点;
  • 在Tissue Solver Vellum节点Advanced/Rigid Group使用;

Preroll tissue

  • 使用Muscle Preroll SOP节点;

从muscle pass获取模拟muscle和动画bone surface

合并所有muscle和bone几何体

模拟解算tissue

  • 使用Tissue Solver Vellum SOP节点;

清理解算的tissue

  • 使用Blast SOP、Clean SOP移除solid和不需要的属性;
  • 保留tpos属性;

缓存解算的tissue

Skin pass

        一旦完成tissue的模拟,即可创建skin pass,可创建额外tissue layer(为最外表添加额外细节);

skin pass由两独立几何体组成:

  • skin surface,外部三角化表面;
  • skin solid,内部四面体;

导入skin surface几何体

外部三角化skin surface(可选)

三角化skin surface并四面体化

  • 创建Skin Solidify SOP节点;

使shin的区域rigid(可选)

绘制skin  property mask(可选)

设置skin properties

  • 使用Skin Properties SOP节点;

获取tissue解算缓存

Preroll skin

  • 使用Muscle Preroll SOP节点;

模拟解算skin

  • 使用Skin Solver Vellum SOP节点;

清理解算的skin

  • 使用Blast SOP、Clean SOP移除solid和不需要的属性;
  • 保留tpos属性;

缓存解算的skin

Simulation transfer

        一旦完成角色Muscles & Tissue的模拟,即可从tissue或skin传递所有点变形到高精度mesh;

10X空间转录组WORKFLOW 无 阅读详情

相关推荐

CST实战:变容二极管电容曲线提取全流程(附S参数设置技巧)

本文详细介绍了在CST Studio Suite中提取变容二极管电容-电压(C-V)曲线的完整实战流程。重点解析了S参数仿真的核心原理、DCFEED模块的正确配置、参数扫描的设置技巧,并探讨了集成SPICE模型进行精确仿真的方法,帮助射频工程师高效、准确地获取器件关键特性。

weixin_29237635的博客 529

Houdini常用SOP节点

Houdini常用SOP节点

weixin_38487869的博客 7795

手把手移植st7701s驱动:MT6763+安卓8.0屏幕适配保姆级教程

本文详细介绍了在MT6763平台上移植ST7701S驱动的完整流程,涵盖从LK层到Kernel层的适配方案,特别针对安卓8.0系统的特殊要求。通过MIPI转RGB屏幕适配的实战教程,帮助开发者解决常见显示问题,包括无显示、色彩异常和屏幕错位等,并提供高级调试技巧如彩条测试模式和闪屏解决方案。

weixin_29186249的博客 156

Houdini 18.5 Nodes Geometry nodes geometry node 多边形节点 1- 自用,翻译有误

Given a curve that represents the high 'pin' points and low 'sag' points of a cable, this sop will generate sagging cables, with user definable cable count, shape, colour. 给定一条代表电缆高“引脚”点和低“垂度”点的曲线,本标准操作程序将生成垂度电缆,并具有用户可定义的电缆数量、形状和颜色。

qq_39239990的博客 2645

FPGA实现PI控制

FPGA实现PI控制

m0_57319166的博客 3893

Arm Neoverse CMN-700 SLC内存系统与缓存分区技术解析

现代处理器架构中,缓存一致性协议与内存子系统设计直接影响系统性能。Arm Neoverse CMN-700采用的SLC(System Level Cache)通过16-way组相联设计实现高效数据缓存,其物理地址索引机制支持灵活的way分区配置。在软件可配置内存(OCM)模式下,SLC可作为独立内存空间使用,通过寄存器控制实现模式切换与区域锁定。缓存分区技术则通过请求源分类和way-based分配策略,满足实时性任务与吞吐量场景的不同需求。这些技术在5G基站、边缘计算等低延迟场景中具有重要应用价值,特别是C

weixin_30263073的博客 611

Muscles|Tissue —— 介绍

肌肉与组织;

NapoleonCoder的博客 372

Shopee滑块验证码太刁钻?手把手教你用Python+Playwright绕过弧形验证(附影刀RPA接入代码)

本文详细介绍了如何使用Python和Playwright结合SadCaptcha第三方服务高效破解Shopee平台的弧形滑块验证码,并集成到影刀RPA工作流中。该方案开发周期短、准确率高(>90%),特别适合跨境电商自动化操作,已在实际项目中验证成功。

weixin_29284657的博客 567

【houdini vex】Point Deform

wx9090的博客 1734

多算法数据预测——BP、ELM、LSTM、BiLSTM和SAELSTM,附Matlab源码

本文将为大家介绍基于BP、ELM、LSTM、BiLSTM和SAELSTM多种算法的数据预测,并提供相应的Matlab源码。SAELSTM算法是一种结合自动编码器和LSTM神经网络的深度学习方法,用于时间序列数据预测。ELM算法是一种单层前向神经网络,在单次训练过程中直接产生输出权重,从而具有快速学习和良好推广性能。多算法数据预测——BP、ELM、LSTM、BiLSTM和SAELSTM,附Matlab源码。总体来看,采用多种算法进行数据预测可以提高预测准确率,并可根据不同场景选择适合的算法。

qq_39605374的博客 861

c#上位机最强教程之环境安装

本文介绍了.NET 6开发环境的安装配置指南。主要内容包括:1)安装.NET 6 SDK和Runtime的方法及验证步骤;2)Visual Studio 2022的安装流程;3)创建第一个.NET 6控制台项目;4)项目结构解析和配置文件说明。文章还提供了实践练习和常见问题解答,帮助初学者快速搭建开发环境并运行简单程序。适用于零基础开发者,学习时间约10分钟。

飞上云层 314

Histolab 组织掩膜(Tissue Masks)完全指南:从二元分割到瓦片提取的实战方案

本文以 histolab 技能包中的组织掩膜参考文档 [tissue_masks.md](https://link.gitcode.com/i/e74926d65fe2bf67536a50aa5c39fc6e) 为核心,系统讲解数字病理全切片图像(Whole Slide Image, WSI)中组织区域的检测、掩膜定制与可视化。你将掌握 `BinaryMask`、`TissueMask`、`Big

gitblog_00360的博客 1058

SIMATIC S7-1200, S7-1500 PID 控制[手册]

SIMATIC S7-1200, S7-1500 PID 控制[手册]

TCGAbiolinks数据下载常见错误与排查实战指南

TCGA癌症基因组图谱是肿瘤生信研究的基础数据源,但通过GDC官网手动下载或脚本批量拉取常因接口变动、参数错误而失败。理解GDC API的查询与传输分离机制,是稳定获取数据的前提。TCGAbiolinks作为R语言封装工具,将查询、下载、整理整合为标准化流程,但版本差异、参数不匹配(如project大小写、data.category、workflow.type)以及网络问题常导致流程中断。本文从实际项目出发,系统梳理了从环境配置到GDCquery、GDCdownload、GDCprepare各阶段的高频错误

weixin_33795093的博客 322

ssm框架搭建

这个是一个在idea上成功跑起来的ssm框架项目,保存在这里方便以后使用直接下载

Devexpress16.2.6破解工具

Devexpress16.2.6破解工具Devexpress16.2.6破解工具Devexpress16.2.6破解工具Devexpress16.2.6破解工具

从原始数据到空间图谱:SAW驱动Stereo-seq全流程实战解析

本文详细解析了利用华大官方SAW(Stereo-seq Analysis Workflow)工具包,从原始测序数据和染色图像出发,完成Stereo-seq空间转录组数据分析的全流程。内容涵盖环境配置、数据预处理、基因表达定量、关键的空间坐标配准、组织区域表达矩阵生成以及细胞分割等核心步骤,并提供了结果验证与下游分析入口的实用指南,帮助研究者高效地从原始数据构建出高质量的空间图谱。

5f4d3s2a1q的博客 437

文档:亲测可用解决vnc灰屏,黑屏,鼠标大黑叉情况

主要解决vnc-viewer灰屏,黑屏,鼠标大黑叉等现象,详细见文档。

cellxgene-census 技能精讲:CZ CELLxGENE Census 数据模式(Schema)权威参考详解

CZ CELLxGENE Census 是基于 TileDB-SOMA 框架构建的版本化单细胞与空间转录组公开数据集合,它把来自 CZ CELLxGENE Discover 的异构数据集统一组织成标准化的 `obs`/`var` 元数据与 `X` 表达矩阵。本文以 [skills/cellxgene-census/references/census_schema.md](https://link.

gitblog_00351的博客 462

my-tv:装进安卓电视就能看的免费电视直播软件,遥控器上手就会

my-tv 是一款免费的安卓电视直播软件:APK 装好、打开就能播,不用注册账号,也没有会员费。当前版本 v2.1.0,全程遥控器操作、数字键直达选台、支持开机自启,智能电视和安卓盒子都能跑。 机顶盒会员一过期,开机先放三十秒广告,想看的直播反倒打不开。与其续费,不如把 my-tv 拷进电视——装完即播,日常操作全靠遥控器上那几个常用键,老人小孩都不需要学习成本。 ## 能不能装?先查系统版本

gitblog_00211的博客 203

用 BlenderGIS 做 3D 地理可视化:从 GIS 数据导入到 3D 地形的完整实践

BlenderGIS 是一个 Blender 插件,负责把 Shapefile、GeoTIFF、OSM 这类 GIS 数据变成 Blender 场景里可编辑的 3D 对象,还能直接从网络拉取底图和 SRTM 高程数据。它解决的问题很具体:地理数据进不了 3D 软件。导入、坐标转换、地形生成、出图渲染,全部在 Blender 里完成,是 3D 地理可视化的一条低门槛路径。 ## 传统流程的麻烦,一

gitblog_00764的博客 181

awesome-kicad自动化构建脚本深度解析:如何把README链接变成KiCad PCM插件仓库

awesome-kicad 是 KiCad 插件与资源精选列表,但它最"硬核"的隐藏能力,是仓库里的自动化构建脚本:扫描 README 中的项目链接,自动检测能在 KiCad 内安装的插件,最终生成一套可被 PCM(Plugin and Content Manager)直接添加的 KiCad 插件仓库。本文以 [scripts/build_pcm_repository.py](https://li

gitblog_00228的博客 412

AssetStudio 完整指南:免费提取 Unity AssetBundle 里的模型、贴图和音频

从游戏里拖出一个 `.bundle` 或 `.assets` 文件,双击却只有一片看不懂的十六进制——里面的 3D 模型、贴图、音效到底怎么取出来?AssetStudio 就是为这件事而生的开源工具:它把 Unity 的 AssetBundle 与普通资源文件解析成一份可浏览的资产清单,再导出成 FBX、Obj、PNG、WAV 这类通用格式。下面按“加载 → 定位 → 导出”的真实操作顺序,把 3

gitblog_00004的博客 268

Il2CppDumper 新手实操:完整还原 il2cpp 类型与结构

反编译一款 Unity 手游时,你是不是也卡在这里:代码明明是用 C# 写的,反汇编窗口里却只剩一片原生机器码,没有任何函数名和类型定义。原因是 Unity 的 il2cpp 编译模式会先把 C# 转成 C++ 再编译成原生二进制,符号信息全部丢失。**Il2CppDumper** 就是专门解决这个问题的逆向工具:给它游戏的可执行二进制和 `global-metadata.dat` 元数据文件,它

gitblog_00044的博客 337

NVIDIA Cosmos-H-Dreams:实时生成式仿真技术在外科机器人领域的应用

实时生成式仿真是一种结合生成式AI和物理仿真的前沿技术,其核心原理是通过深度学习模型动态生成高度逼真的虚拟环境。在技术价值层面,这种仿真能够实现毫秒级的实时交互,为复杂系统的建模和预测提供了全新范式。在医疗领域的应用场景中,实时生成式仿真可以精确模拟生物组织的物理特性,如组织变形和器械交互,为外科机器人手术提供真实的训练环境。NVIDIA Cosmos-H-Dreams平台正是基于这一技术,通过集成NVIDIA Omniverse和生成式AI模型,实现了外科手术仿真的突破性进展,特别是在达芬奇手术机器人集成

weixin_34326429的博客 434

TCGA肿瘤vs正常组织差异分析:DESeq2全流程详解与避坑指南

转录组测序(RNA-seq)已成为生物医学研究的基础工具,而差异表达分析则是揭示肿瘤与正常组织分子差异的核心方法。这类分析通常基于基因表达计数矩阵,通过负二项分布模型(如DESeq2)进行统计检验,从而识别在肿瘤中显著上调和下调的基因。技术意义在于为生物标志物发现、通路机制研究及后续生存分析提供候选基因列表。在癌症研究中,TCGA数据库是最常用的公共数据来源,其中原发肿瘤(TP)与实体正常组织(NT)的比较是最经典的研究设计之一。然而,从GDC门户下载数据、解析样本条形码、清洗count矩阵到跑通差异分析,

weixin_34152820的博客 333

COSMIC 癌症体细胞突变数据库 API 检索指南:scientific-agent-skills 中的 JWT 鉴权与基因、突变、Cancer Gene Census 查询

本篇技术指南围绕本仓库 database-lookup 技能中 COSMIC(Catalogue of Somatic Mutations in Cancer,癌症体细胞突变目录)数据库的检索参考文档展开,说明如何注册账号、通过 JWT 完成鉴权,并调用其 REST API 完成"按基因检索突变、查询基因信息、按 COSMIC ID 查询突变详情、查询 Cancer Gene Census、按组织

gitblog_01020的博客 642

AI将学会免疫学?RSI-Anything免疫科学领域规划与项目路线图前瞻

RSI-Anything 是一个开源的**跨领域世界模型(World Model)集合**,正在把 AI Agent 的研究推进到**免疫科学(Immune Science)** 这一全新领域。本文前瞻解读该项目的免疫科学规划、五大领域路线图,以及 JEPA 世界模型如何支撑"预测—行动—反馈"的递归自我改进闭环。 ## 一句话看懂 RSI-Anything:AI 学会"先想后做" 🔮 RS

gitblog_00982的博客 303

Context Engineering 实战:基于 /research.agent 构建可审计、可组合、递归自改进的研究 Agent 系统提示词

> 本文以 Context Engineering 仓库中 [research.agent.md](https://link.gitcode.com/i/d7f5e1f2025e91df0039ad329b547cdb) 这一标准系统提示词模板为核心,完整拆解其"元信息 + 指令 + 语义树 + 上下文 Schema + 工作流 + 工具编排 + 递归自改进"的多模态 Markdown 架构,并结

gitblog_00332的博客 197
上一篇: Muscles|Tissue —— Overview
下一篇: Hair|Fur —— 案例
挨代码
博客等级 码龄5年 1696粉丝 384原创
评论
成就一亿技术人!
拼手气红包6.0元
还能输入1000个字符
 
 条评论被折叠 查看
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付:10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值