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RSS订阅原创 Gromacs安装、蛋白配体复合物模拟操作流程记录
在此基础上我又尝试了一下cg的能量最小化过程，发现还是出现报错，说明在cg前还是需要进行steep的能量最小化，因为只是想走一遍动力学模拟的流程，这个结果应该对后续影响不大，我就继续进行平衡阶段的模拟。安装SPDBV优化蛋白数据，将pdb文件存放在该文件夹下（应该是非必要，个人习惯存放在一起），在下图三的file按钮中进行导入，修复蛋白质结构，并导出保存为pdb格式。复制蛋白的gro文件，重命名为complex.gro，在倒数第二行后插入分子拓扑坐标信息，并修改第二行的原子总数（7195+18），保存。
2025-02-21 22:09:24
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原创 Linux-pyg安装记录（如果一直不成功，报错搜不到可以重开服务器账号）
顺序1.torch-scatter 2.torch-sparse 3.torch-cluster 4.torch-spline-conv 5.torch_geometric。对应下载1.torch-scatter 2.torch-sparse 3.torch-cluster 4.torch-spline-conv。（2）.如果仍然报错，则在 /home/user/.bashrc 文件最下面一般就在文件那一栏的下方，加入下述一行。到此我的pyg环境配置完成，前车之鉴，克隆干净的环境以备不时之需。
2023-12-26 23:08:14
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空空如也
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