生信分析进阶1 - HLA分析的HLA区域reads提取及bam转换fastq

进行HLA分析的软件通常需要准备fastq和bam文件，可通过比对到人类参考基因组后，提取HLA区域的bam数据，再转换为fastq，上述2个文件作为HLA分析软件的输入文件。

hg38人类参考基因组

chr6:28510120-33480577等区域为参考的HLA基因，可自行修改。测试数据bam来源于全外测序样本，WGS等测序数据操作类似。

hg38参考基因组下载（FTP）：
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/

分析前准备

# 软件安装
conda install bwa, samtools, fastp

# hg38参考基因组下载
wget -c -b https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.15_GRCh38/GCA_000001405.15_