生信技能16 - 生信分析序列处理常用函数

已于 2023-03-04 22:51:01 修改
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分类专栏： 生信分析项目实战技能合集 文章标签： python numpy 数据分析
于 2023-03-04 22:50:48 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/129340609
本文介绍了生信分析中序列处理的一些基本函数，包括读取序列文件、计算核苷酸数量、DNA转RNA、序列反转及计算GC含量。通过实例代码帮助读者理解和掌握这些生物信息学操作。

生信分析序列处理常用函数

生信分析经常需要对序列进行处理，下面的实现代码可用于个人练习，可以让我们更好地理解序列处理的原理，当然python也有更高效率的包可以实现以下功能。
  1. read_seq_file 读取序列txt文件函数
  2. count_nucletotides 计算各核苷酸数量函数
  3. dna2rna DNA序列转RNA序列函数
  4. seq_reverse DNA序列转换为互补序列函数
  5. count_GC_ratio 计算序列的GC含量
import os

# 读取DNA或RNA序列的txt文件
def read_seq_file(file_path):
    seq = ""
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