生信技能3 - 生信流程中python程序的参数解析

生信与基因组学

已于 2023-01-29 11:47:23 修改

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分类专栏：生信分析项目实战技能合集文章标签： python pycharm 开发语言

于 2023-01-17 16:28:03 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/LittleComputerRobot/article/details/128717787

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本文介绍如何在生物信息学分析流程中利用Python的optparse模块进行参数解析。通过step01编写程序，并在step02运行程序观察解析结果，探讨了如何处理命令行参数，包括在PyCharm终端和Linux服务器上的实践操作。

承接上一篇文章《生信技能2-Shell脚本传递参数解析与python程序实现交互》，在学习完如何使用shell脚本进行参数解析，这次学习如何在python中实现传入参数的解析。

optparse modlue基本用法

 1. 载入OptionParser类, 新建对象: OptionParser()
 2. 添加选项: add_option()
 3. 参数解析: parse_args()

step01: 编写python程序

vi parser.py  # linux服务器或pycharm创建python程序

##############以下为代码内容###############
import optparse

if __name__ == "__main__":

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