SVS文件写法注意事项

已于 2024-10-17 13:07:55 修改
阅读量430 收藏
点赞数 3
CC 4.0 BY-SA版权
文章标签： c++
于 2024-10-17 13:05:53 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/ListenAlone/article/details/143010988

svs格式定义
第1层，全分辨率tile图，需设定desc
第2层，Thumbnail
第3到第N-2层，降分辨率tile图，必须使用从大到小顺序
第N-1层，label图，需设定标志(1)，需设定desc
第N层，marco图，需设定标志 (9)，需设定desc

第2层一定要写缩略图或者分辨率最低的层，不然可能会有错误，具体错误不记得了。

如果不写marco层，直接到N-1层就结束了，那么qupath中读取出来的marco将是label层的图。label层将会读取到N-2层的图。

大致顺序

21280 13669  0   base
1024  657    0   Thumbnail
5320  3417   0   level1
2660  1708   0   level2
806   801    1   label
1856  795    9   macro

//0 1 9 是标志

参考链接

【病理数据】svs格式数据解读
写代码的犄角旮瘩
06-08 1635
WSI病理图像的level越小，对应的放大倍数越大，由于是全视野切片图像，那自然整体图像大小便会更大。
python 使用 tifffile 写入 svs 文件。
ONE_SIX_MIX的专栏
04-03 4505
首先感谢！！！！我自己！！！！！ 然后感谢编写 tifffile 的大佬！！！ 我终于TMD的成功编写了一个SVS文件，并被Openslide完美识别！！！！！CTMD 我绝对相信这能为后来人节省大量的时间！！！！ 总结！ CTMD
医学图像处理之svs格式
weixin_45958695的博客
11-09 9667
医学图像处理之svs格式
Python大作业 数字病理学图像svs文件任意倍率浏览
m0_74399268的博客
11-01 1757
（7）附件 11 中还包含 wsi-01.svs 和 wsi-02.svs 两个文件，请参考文献[1]的设计风格和模 式，利用 python、OpenSeadragon 库和 OpenSlide 库，设计一套能够显示 wsi-01.svs 和 wsi-02.svs 文件的前后端 web 软件，可支持任意倍率浏览、任意颜色曲线标注，其他具体细节功能或特色功能可自行决定。图像是可以缩放移动的，朋友们我说句题外话，这个图片放大后细胞清晰可见，看的我非常不适，有一种想偶图的感觉。可以从我的网盘链接下载。
病理图片svs格式在web上的呈现--python方案
Mr.追梦在路上
08-09 3200
接了个项目，需要将病理细胞图片svs格式的图片显示在前端页面上。找遍网络，有不可行的，有可行但却有bug的。在此整理份完整可行的方案，供大家参考。细胞图片长这样：此类svs图片一般大小在几百兆到几个G之间，着实很大，浏览器无法加载。pc一般是通过桌面软件加载查看的。
医学病理图片(SVS格式)的格式转换与显示——python实现
热门推荐
python小白的逆袭之路
08-19 5万+
最近在公司一直忙于做svs文件的处理工作，期间看了很多的博客还有国外的一些api文档，感觉稍微有了点了解，所以打算写下这篇博客记录这段时间的工作情况; SVS文件是什么？ 最开始拿到SVS文件一脸懵逼的，这货长这样(在windows下可以用Aperio ImageScope这个开源软件打开)： 我现在接触的这种图片的大小一般在60M-1.5G之间，可以将图片放大到20倍左右，上面的这张图...
.svs文件转JPG文件For matlab.rar
09-02
需要注意的是，由于.svs文件可能包含高分辨率的医疗图像，转换过程可能会消耗大量内存和计算资源。因此，编写脚本时需要考虑到内存管理和计算效率。 总之，这个资源对于那些在MATLAB环境中处理数字病理图像的研究...
.svs文件转换成JPG文件
11-07
数字病理图像全扫描的.svs文件转换成.jpg文件的matlab代码，一般.svs不方便直接处理，需要进行转换格式，动态积分改成静态积分
kfb转tif和svs文件资源
11-27
kfb文件是使用江丰生物公司的病理切片扫描仪扫描病理...通常来说我们都使用ASAP软件对病理切片进行标注，而ASAP只能标注tif和svs格式的文件。本软件无需安装，可将kfb文件转为tif或svs文件。本软件仅供学习，请勿商用
生物医学kfb文件格式转换为徕卡svs格式文件快速批量KFB2SVS
09-29
生物医学kfb文件格式转换为徕卡svs格式文件是一个涉及生物医学图像处理的专业任务，尤其在病理学研究和诊断中尤为重要。KFB文件是一种生物医学图像格式，广泛应用于扫描和分析细胞、组织样本等领域。而徕卡svs格式...
如何将.svs文件转换为JPG格式
最新发布
07-24
值得注意的是，在进行文件格式转换时，还必须注意版权和隐私问题。.svs图像通常含有敏感的医学信息，因此在转换和分享过程中需要遵守相关的法律法规，保护患者隐私。 .svs到JPG的转换是医学图像处理中常见且重要的...
svs转tiff文件
09-13
数字切片格式转换svs>tiff格式，后续写出其他格式的文件相互转换
（病理图像读写）病理图像（whole slide images，WSI）的读写（.svs, .tiff）,使用openslide,和pyvips以及matlab
qq_34616741的博客
08-02 1万+
病理图像的读写
全网独家梳理：数字病理图像的常用存储格式以及格式转换的方法｜24-08-17
罗小罗同学的博客
08-16 4477
这一期推文，跟你们分享一些比较底层，并且顶刊中不会涉及但是又至关重要的内容。我们在做任何一个病理AI的项目前，有两样东西是一定会拿到手的——切片&对应的临床基线表。（如果做多组学/多模态的项目，还会拿到测序数据和影像数据，但是如果单病理的你都处理不好，扩大队列你更懵）前两天有篇推文讲了，我们对于临床基线表的很多信息都没有挖掘出来。所以我也准备了一期推文，试图梳理拿到基线表以后的一个标准流程，目前还在筹划中。今天这期的推文想讲的是另一个东西——切片的导出&处理。
svs文件转换为tiff文件
huashengjdfla的博客
09-10 1633
svs文件转换为tif文件
openslide初印象———— 常用函数介绍
Ruky_Z的博客
09-07 7232
医学图像最显著的一个特征就是“大”，如何处理这种“大”，目前常用的一种方法就是切割，将一个大的WSI切割成多个小tile，然后分别对多个tile进行处理，“化大为小”。 WSI 经常用到的一个格式是.svs 。python 中常用来处理 .svs文件的一个包是openslide。对于openslide 中常用到的一些函数方法，许多博主都给出了简单的例子，下面是一些我认为还不错的文章链接，以供...
python，Openslide自动切.SVS格式(WSI)病理图像
未来不再遥远
06-13 2万+
首先安装，openslide，如果是ubuntu用户，直接 sudo apt install python-openslide, 然后导入库 import openslide 然后导入DeepZoomGennerator,主要是多层金字塔形式封装 from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator 打开所需要读入的文件，给出文件名， sli...
SVS格式WSI图像分割
Abo_luo的博客
12-28 4985
医学超大SVS格式图像切割程序总结 仅仅提供学习使用 程序 将原始的coco数据集，标注为矩形框，通过openslide和numpy等工具包进行图片切割。原始的图像大小不规则，100000x100000像素左右，运行下面程序即可得到2000x2000的，尺寸修改、路径等需要自行调整。 import openslide from openslide.deepzoom import DeepZoomGenerator import numpy as np import json from tqdm i
vue预览svs文件
03-09
<think>好的，用户想在Vue.js项目中实现SVS文件的预览功能。首先，我需要确认SVS文件是什么。SVS是数字病理学中常用的高分辨率切片图像格式，通常需要专门的工具来查看。用户可能是在开发医疗相关的应用，需要处理这种专业图像。 接下来，我需要考虑在Vue.js中如何实现预览。常见的做法是使用现有的库或组件。例如，OpenSeadragon是一个支持高分辨率图像查看的开源库，适合处理SVS这种大图像。可能需要将SVS转换为Deep Zoom Image（DZI）格式，这样可以在网页中分片加载，提升性能。 然后，用户可能需要安装相关的Vue组件，比如vue-video-player，但根据引用[2]，这个库主要用于视频播放，可能不直接支持SVS。所以需要寻找其他解决方案。可能需要结合OpenSeadragon和Vue集成，比如使用vue-openseadragon组件。 另外，用户可能需要处理SVS文件的转换，这可能需要后端服务，比如使用libvips库将SVS转为DZI格式。前端则通过OpenSeadragon加载生成的DZI文件。同时，需要确保前端正确配置路径和依赖，比如引用中提到在craco.config.js中设置别名，可能在Vue项目中需要类似的Webpack配置，但Vue通常使用vue.config.js，所以需要指导用户如何配置别名以便引入组件。 最后，还需要考虑步骤的详细说明，包括安装依赖、创建组件、配置转换服务等，确保用户能够逐步实现功能。同时，要提醒用户注意性能优化和可能的格式转换问题，确保预览的流畅性。</think>在Vue.js中实现SVS（数字病理切片）文件预览，可以采用以下两种主流方案： ### 方案一：使用OpenSeadragon + DZI转换 1. **安装依赖** ```bash npm install openseadragon vue-openseadragon ``` 2. **创建预览组件** ```vue <template> <div id="svs-viewer" style="width: 100%; height: 800px"></div> </template> <script> import OpenSeadragon from 'openseadragon' export default { mounted() { this.viewer = OpenSeadragon({ id: "svs-viewer", prefixUrl: "/openseadragon-images/", tileSources: { Image: { xmlns: "http://schemas.microsoft.com/deepzoom/2008", Url: "/dzi_files/", // DZI文件目录 Format: "jpeg", // 转换后的格式 Overlap: 1, TileSize: 256, Size: { Width: 40000, // 图像实际尺寸 Height: 30000 } } } }) } } </script> ``` 3. **SVS转DZI格式（需要后端配合）** ```bash # 使用libvips转换 vips dzsave input.svs output_dir --tile-size 256 --overlap 1 --depth onetile ``` ### 方案二：使用专用医学影像库 1. 安装医学专用查看器 ```bash npm install @cornerstonejs/core @cornerstonejs/tools cornerstone-wado-image-loader ``` 2. 配置DICOM查看器 ```javascript // main.js import { cornerstone, cornerstoneTools } from '@cornerstonejs/core' const config = { maxWebWorkers: navigator.hardwareConcurrency || 1, startWebWorkersOnDemand: true } cornerstone.init(config) ``` ### 配置路径别名（参考[^1]） 在`vue.config.js`中添加： ```javascript const path = require('path') module.exports = { configureWebpack: { resolve: { alias: { '@': path.resolve(__dirname, 'src') } } } } ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

ListenAlone

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值