R语言 boxplot作图图内展示校正后的P值(padj)

原创

已于 2022-07-29 23:43:05 修改 · 4.7k 阅读

18 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#r语言

于 2022-07-25 20:58:40 首次发布

本文介绍了如何使用R语言制作Boxplot，并将校正后的P值(padj)展示在图中，包括数据导入、预处理、统计检验与P值校正，以及如何将P值添加到箱线图的步骤。还提到了批量制作此类图的方法。

Boxplot绘制步骤

1. 导入数据--> 2. 数据预处理 --> 3. 统计检验+pvalue校正 --> 4. pvalue加到boxplot中

导入数据

library(openxlsx)
setwd("/Users/mac/Desktop/Imperial\ College\ of\ London/1--data")

2. 数据预处理

##去除data中Group.name.3中的空值
data = data[-which(is.na(data$Group.name.3)),]

##将行名中的"-"," "变成”_“如果是"-"," "会影响后面做图 
colnames(data) <- gsub("-","_",colnames(data))
colnames(data) <- gsub(" ","_",colnames(data)

3. 统计检验+pvalue校正

##定义p_value校正的function 选择方法 默认为wilcox.test统计检验 与 FDR校正
get_adj_p <- function(data, .col, .grp = "Sample", comparisons = NULL,
                      method = "wilcox.test", p.adjust.method = "fdr", p.digits = 3L, ...)
 {
  # Compute p-values
  comparison.formula <- paste0(.col, "~", .grp) %>%
    as.formula()
  pvalues <- ggpubr::compare_means(
    formula = comparison.formula, data = data,