R语言相关性的显著性检验

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本文介绍了R语言中进行相关性显著性检验的三种方法:Pearson、Spearman和Kendall相关性检验。通过示例代码展示了如何使用R语言函数进行这些检验,帮助读者理解和应用相关性分析。

R语言相关性的显著性检验

相关性分析是统计学中常用的一种方法,用于衡量两个变量之间的关联程度。在R语言中,我们可以使用多种方法来进行相关性的显著性检验,以确定两个变量之间的关系是否具有统计学上的显著性。在本篇文章中,我将为您提供几种常见的相关性检验方法,并附上相应的源代码。

  1. Pearson相关性检验
    Pearson相关性检验是用来检验两个连续型变量之间线性相关性的常用方法。在R语言中,我们可以使用cor.test()函数进行Pearson相关性检验。下面是一个示例代码:
# 创建两个连续型变量
x <- c(1, 2, 3, 4, 5)
y <- c(2, 4, 6, 8, 10)

# 执行Pearson相关性检验
result <- cor.test(x, y)

# 输出检验结果
print(result)

在上述代码中,我们创建了两个连续型变量xy,然后使用cor.test()函数对它们进行Pearson相关性检验。最后,我们使用print()函数输出检验结果。

  1. Spearman相关性检验
    Spearman相关性检验用于检验两个变量之间的单调关系,不要求变量呈线性关系。在R语言中,我们可以使用cor.test()函数,并将method参数设置为"Spearman"来进行Spearman相关性检验。以下是一个示例代码:
在R语言中进行相关性显著性分析并绘图,有多种方法,以下是不同场景下的具体操作: ### 两个变量的相关性分析与绘图 若对某两个变量的相关性感兴趣,可使用`ggplot2`绘图。不过,要先进行相关性分析,可以使用`cor.test()`函数来检验两个变量之间的相关性及其显著性,再用`ggplot2`绘制散点图展示变量关系。 ```R # 示例数据 x <- rnorm(100) y <- rnorm(100) # 相关性分析 cor_result <- cor.test(x, y) print(cor_result) # 加载ggplot2包 library(ggplot2) # 绘制散点图 ggplot(data.frame(x, y), aes(x = x, y = y)) + geom_point() + labs(title = "Scatter plot of x and y", x = "x", y = "y") ``` ### 探索所有基因(变量)的相关性分析与绘图 若想探索所有基因(变量)的相关性,可以使用`corrplot`或者`PerformanceAnalytics`包。 - **使用`corrplot`**: ```R # 示例数据 data(mtcars) cor_matrix <- cor(mtcars) # 计算p值矩阵 cor_p_matrix <- cor.mtest(mtcars)$p # 加载corrplot包 library(corrplot) # 自定义显著性标记函数 sig_labelfunction <- function(x) { ifelse(x < 0.001, "***", ifelse(x < 0.01, "**", ifelse(x < 0.05, "*", ""))) } # 得到显著性标记矩阵 sig_matrix <- sig_labelfunction(cor_p_matrix) # 绘制相关性矩阵图,并标记显著性 corrplot(cor_matrix, p.mat = cor_p_matrix, sig.level = 0.05, insig = "label_sig", pch.cex = 0.8, pch.col = "black", method = "color") ``` - **使用`PerformanceAnalytics`**: ```R # 加载PerformanceAnalytics包 library(PerformanceAnalytics) # 绘制相关性图 chart.Correlation(mtcars, histogram = TRUE, pch = 19) ``` ### 相关性网络图及热图中添加显著性 可按如下步骤操作: ```R # 设置路径 setwd("E:\\小杜的生信筆記\\2023\\20231012-mental分析网络图") # 加载数据 library(dplyr) data("varechem", package = "vegan") data("varespec", package = "vegan") # 查看数据 dim(varespec) varespec[1:10,1:10] dim(varechem) varechem[1:10,1:10] # 计算网络关系 library(ggm) mantel <- mantel_test(varespec, # 分类数据 varechem, # 影响因子数据 # 以下代码是根据varespec(分类数据)进行分析计算 spec_select = list(Spec01 = 1:7, Spec02 = 8:18, Spec03 = 19:37, Spec04 = 38:44)) %>% mutate(rd = cut(r, breaks = c(-Inf, 0.2, 0.4, Inf), labels = c("< 0.2", "0.2 - 0.4", ">= 0.4")), pd = cut(p, breaks = c(-Inf, 0.01, 0.05, Inf), labels = c("< 0.01", "0.01 - 0.05", ">= 0.05"))) ```
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