【数据分析】基于R语言的微生物LEFSe差异分析方法的实现及结果可视化

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介绍

LEfSe（Linear discriminant analysis Effect Size）差异分析方法是一种用于发现高维生物标记和揭示基因组特征（包括基因、代谢和分类）的方法。它能够在多个组之间进行比较，以找到在组间丰度有显著差异的物种，并区分两个或更多生物学组。该方法强调统计显著性和生物学相关性，使研究人员能够识别不同丰度的特征以及相关的类别。

原理

LEfSe方法首先使用非参数因子Kruskal-Wallis（KW）秩和检验来检测丰度的显著差异，并找出丰度有显著差异的组。然后，LEfSe执行额外的测试来评估这些差异是否与预期的生物学行为一致。最后，LEfSe使用线性判别分析（LDA）来估计每个组分（物种）的丰度对差异效应的影响。

步骤

1. 将数据转换为LEfSe格式。
2. 使用格式化的表上运行LEfSe，首先使用