Ubuntu20.04.2LTS中AutoDock4-GPU的运行及调试

最新推荐文章于 2025-11-23 06:17:56 发布
原创 最新推荐文章于 2025-11-23 06:17:56 发布 · 3.8k 阅读 · 13 ·
CC 4.0 BY-SA版权
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。

本文详细介绍了如何在Ubuntu环境下安装、配置并调试AutoDock-GPU软件，包括创建工作目录、下载源码、安装CUDA驱动及环境配置，以及如何使用Visual Studio Code进行调试。

目录

AutoDock-GPU的运行

下载

1.创建一个文件夹 例如：mkdir /media/test/Documents/Glinttsd/AutoDock4.2
2.cd 到文件夹中，使用git init
3.用git pull https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU.git把AutoDock4-GPU的源码从github下载下来，由于速度比较慢，可以用下面的命令代替
git pull https://github.com.cnpmjs.org/ccsb-scripps/AutoDock-GPU.git
在这里插入图片描述
4.这时文件夹里就有AutoDock4-GPU的所有文件了

环境准备

在这里插入图片描述
1.根据自己的GPU安装驱动，我的GPU是NVIDIA GTX 1060，所以应该安装NVIDIA的驱动。有一个方便的方法，打开software&update，选择additional drivers，找到NVIDIA驱动直接安装，如图
在这里插入图片描述

2.现查看自己的GPU最高支持多少版本的CUDA，使用 NVIDIA-smi -l，查看最高支持版本号，如图

最低0.47元/天 解锁文章
GLinttsd
关注
AutoDock-Vina python使用、ubuntu 命令行安装；gromacs 分子模拟软件 ubuntu下载安装
weixin_42357472的博客
08-21 1910
1）vina python包暂时只支持linux环境，所以windows安装不了报错；本文用的windows WSL ubuntu子系统环境。3）vine 命令行使用，可以安装sudo apt install autodock-vina后使用。2）numpy环境用的 numpy-1.22.0。
autodock安装
08-24
autodock安装说明，帮助你横好的安装这款软件，用于大分子连接
AutoDock-GPU：适用于GPU和其他加速器的AutoDock
02-21
AutoDock-GPU：适用于GPU和其他加速器的AutoDock 关于 OpenCL和Cuda加速版的AutoDock4.2.6。 它通过在多个计算单元上并行处理配体-受体姿势来利用其令人尴尬的可并行LGA。 OpenCL版本是与TU-Darmstadt合作开发的，能够针对CPU，GPU和FPGA架构。 Cuda版本是与Nvidia合作开发的，以便在Oak Ridge国家实验室（ORNL）峰会上运行AutoDock-GPU，其中包括Jubilee Development公司的Aaron Scheinberg开发的批量配体管线。 引文 使用GPU和基于梯度的本地搜索加速AutoDock4， 2021，10.1021 / acs.jctc.0c01006 查看 特征 基于梯度的本地搜索方法（例如ADADELTA），以及AutoDock 4中Solis-Wets的改进版本。 它针
AutoDock-GPU：GPU加速的分子对接革命
最新发布
gitblog_01186的博客
11-23 949
AutoDock-GPU是由Scripps Research的Forli实验室开发的开源项目，旨在通过GPU和其他计算加速设备来大幅提升分子对接的计算效率。该项目是AutoDock4.2.6的OpenCL和Cuda加速版本，通过并行处理配体-受体姿态，实现了传统分子对接计算的革命性突破。 ## 核心技术架构 AutoDock-GPU的核心技术优势在于其高度并行化的局部梯度搜索算法。项目采用多计
【亲测免费】 AutoDock-GPU：加速分子对接的强大工具
gitblog_00412的博客
08-16 796
AutoDock-GPU 是由 Scripps Research 的 Forli 实验室开发的一款开源项目，旨在通过 GPU 和其他加速器来加速分子对接过程。该项目是 AutoDock4.2.6 的 OpenCL 和 Cuda 加速版本，能够并行处理配体-受体姿态，从而显著提高计算效率。 ## 项目技术分析 AutoDock-GPU 利用了其 embarrassingly paralleliz...
AutoDock4识别未定义的原子与AutoDock-GPU安装
aiia18的博客
09-02 1080
AutoDock相关
精选资源
Ubuntu 20.04.4 LTS 升级 22.04 LTS 教程
04-24
在Ubuntu中，小版本升级（如20.04.3到20.04.4）通常可以通过`apt update`和`apt upgrade`命令完成，这些命令会更新已安装软件包的版本，但不会改变主版本号。然而，大版本升级（如20.04到22.04）则需要使用`do-...
【Ubuntu20.04.06 最新详细安装（虚拟机版）Linux系统分区 飞控开发环境搭建】
09-15
在本教程中，我们将深入探讨如何在虚拟机中安装最新的Ubuntu 20.04.06 LTS（长期支持版）操作系统，同时设置适合飞控开发的环境。首先，我们需要了解Linux系统的分区策略，以及如何准备必要的安装工具。 1. **EFI...
Ubuntu 20.04.4升级20.04.6离线资源包
06-04
Ubuntu 20.04 LTS，也被称为Focal Fossa，是Ubuntu的一个重要版本，它于2020年4月发布，并计划在2025年4月结束支持。这个版本引入了许多新特性，包括对GNOME 3.36桌面环境的支持，以及对Linux内核5.4的升级。 升级...
精选资源
ubuntu-20.04.3-live-server-amd64
10-13
乌班图20.04.3
HPC应用&生命科学领域软件AutoDock-GPU详细安装使用教程
qq_27815483的博客
08-31 1572
AutoDock-GPU是基于OpenCL的GPU加速版本分子对接软件autodock-4.2.6。可以支持DCU已经其他支持OpenCL的设备，如CPU和Nvidia GPU等。
AutoDock-GPU 开源项目实战指南
gitblog_00339的博客
08-15 1184
AutoDock-GPU 是由斯克里普斯研究所的Forli实验室开发的一个开源软件套件，专注于利用GPU和其他加速器进行计算对接和虚拟筛选。此工具旨在加速结构基础药物发现过程，探索生物分子结构与功能的基本机制。AutoDock-GPU基于AutoDock 4.2.6并进行了OpenCL和CUDA加速，特别优化了其高度并行化的局部刚性算法（LGA），实现ligand-receptor姿态的并行处理，...
AutoDock Tools在Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装的详细安装步骤
qq_40447251的博客
12-10 3634
AutoDock Tools在Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装的详细安装步骤 Ubuntu Kylin14、Ubuntu Kylin15下安装： Home文件夹即主文件夹下新建一个文件夹autodock（文件夹可以自己随意新建设置）； 1.      登陆mgltools官网，下载mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz（下载符
【亲测免费】 AutoDock-GPU 项目常见问题解决方案
gitblog_00579的博客
11-26 656
AutoDock-GPU 是一个开源项目，由 Scripps Research 的 Forli 实验室开发。该项目是 AutoDock4 的一个加速版本，专为 GPU 和其他加速器设计。AutoDock-GPU 利用了其“embarrassingly parallelizable”的 LGA（Ligand Gradient Ascent）算法，通过在多个计算单元上并行处理配体-受体姿态来提高计算效...
Linux系统安装AutoDockTools、AutoGrid和AutoDock并实现分子对接 分子对接软件 CentOs Ubuntu系统适用（详细讲解）
GHZ2443063059的博客
09-10 4737
linux系统Centos7 | Ubuntu系统安装分子对接软件AutoDockTools并实现分子对接
AutoDock-GPU 项目推荐
gitblog_00347的博客
11-28 1067
AutoDock-GPU 是由 Scripps Research 的 Forli 实验室开发的一个开源项目，旨在将 AutoDock 分子对接软件进行 GPU 和其他加速器的加速。该项目主要使用 C++ 和 OpenCL/CUDA 进行编程。 ## 1. 项目基础介绍 AutoDock-GPU 是 AutoDock4 的一个并行化版本，它通过在多个计算单元上并行处理配体-受体姿态，利用了其“e...
2024 - 更高效的分子对接-多线程或多进程 or AutoDock-GPU
itwangyang520的博客
10-20 1003
模块允许我们同时运行多个进程，每个进程独立完成任务。这非常适用于分子对接，因为每个配体-蛋白质对接都是独立的计算任务。AutoDock-GPU 支持 CUDA 和 OpenCL，通过 GPU 加速对接速度。❤️ 链接在这里：https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-GPU。或其他加速工具，可以更快地完成任务。下面是如何实现这两种方法的简要说明和代码示例。如果你的系统支持 GPU 加速，你可以使用。要实现并行化和更高效的分子对接，可以采用。
AutoDock-GPU版本安装-报错！
weixin_45949524的博客
04-14 380
有伙伴知道安装这个AutoDock-GPU版本时候，出现这个错误，该怎么解决吗。
AutoDock-GPU 项目使用教程
gitblog_00728的博客
08-15 718
AutoDock-GPU 项目的目录结构如下： ``` AutoDock-GPU/ ├── bin/ ├── common/ ├── cuda/ ├── device/ ├── doc/ │ └── presentation/ ├── examples/ │ └── output/ ├── host/ ├── input/ ├── windows/ ├── wrapcl/ ├── .gi...
在Ubuntu20.04.6 LTS上如何使用 sysbench-tpcc 跑 tpcc 测试，500仓
06-01
以下是在Ubuntu20.04.6 LTS上使用sysbench-tpcc跑tpcc测试，500仓的步骤： 1. 安装sysbench和MySQL ``` sudo apt update sudo apt install sysbench mysql-server ``` 2. 登录MySQL，创建tpcc数据库 ``` mysql -u root -p CREATE DATABASE tpcc; exit ``` 3. 下载sysbench-tpcc工具 ``` cd ~ git clone https://github.com/Percona-Lab/sysbench-tpcc.git ``` 4. 准备测试数据 ``` cd sysbench-tpcc/ sysbench ./tpcc.lua --mysql-host=127.0.0.1 --mysql-port=3306 --mysql-user=root --mysql-password=<your_password> --mysql-db=tpcc --table-size=500000 --tables=10 --threads=10 --time=0 --report-interval=10 prepare ``` 在准备测试数据时，我们使用了以下参数： - --table-size：指定每个表包含的记录数。 - --tables：指定需要使用的表的数量。 - --threads：指定测试使用的线程数。 - --time：指定测试运行的时间。 - --report-interval：指定测试输出结果的时间间隔。 根据您的需求，您可以根据上面的参数进行修改。 5. 运行测试 ``` sysbench ./tpcc.lua --mysql-host=127.0.0.1 --mysql-port=3306 --mysql-user=root --mysql-password=<your_password> --mysql-db=tpcc --table-size=500000 --tables=10 --threads=10 --time=300 --report-interval=10 run ``` 在运行测试时，我们使用了以下参数： - --table-size：指定每个表包含的记录数。 - --tables：指定需要使用的表的数量。 - --threads：指定测试使用的线程数。 - --time：指定测试运行的时间。 - --report-interval：指定测试输出结果的时间间隔。 根据您的需求，您可以根据上面的参数进行修改。 6. 查看测试结果 测试结束后，sysbench会输出测试结果，包括tps和qps等信息，您可以根据测试结果进行分析和优化。 希望这些步骤能够帮助您完成在Ubuntu20.04.6 LTS上使用sysbench-tpcc跑tpcc测试的过程。
评论 3
成就一亿技术人!
拼手气红包6.0元
还能输入1000个字符
 
红包 添加红包
表情包 插入表情
表情包 代码片
 条评论被折叠 查看
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值