TCGA数据库下载及全流程分析（更新中）

一、GDCRNATools包下载

首先下载R包

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("GDCRNATools")

下载好之后在再官网下载gdc-client工具和manifest文件到当前目录下，具体操作可以看我再丁香园中的帖子

运行，以COAD数据为例，下载：

library("GDCRNATools")
gdcRNADownload(manifest  = 'gdc_manifest_20200320_030436.txt',
               directory = 'TCGA-COAD/RNAseq')

但是等了好久发现下载速度实在太慢了，于是就放弃了这种方法，换下一种方法下载。

二、RTCGA包下载

在很久以前下载过这个包，所以直接运行它，安装可以参考这篇文章：安装

library(RTCGA.rnaseq)
dim(READ.mRNA)
library(RTCGA.clinical) 
expr <- expressionsTCGA(READ.rnaseq)

然后很快就得到了表达矩阵，但是我们发现列名并不是我们熟悉的gene symbol, 那么就需要转换。

首先把列明提取出来

idlist<-colnames(expr)
idlist<-data.frame(idl