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原创 离线安装/使用dssp

③到指示的文件夹内,将mkdssp文件下载下来,传输到超算平台的对应文件夹(主要为报错信息指示的找不到文件/文件权限被拒绝的位置,如我的为/gs/home/anaconda3/envs/HPC/lib/python3.9/site-packages/Bio/PDB/)判断是否处于某环境中,可通过看终端指令前是否有(),如(base)XXX@Tiger3:~$,则说明在base环境中,也建议先退出,否则容易造成环境层数的叠加,导致后续指令的错误。⑦在运行脚本中的dssp指令行中,添加指定地址。

2024-09-11 13:40:22 885

原创 【提问:AF2的一般运行时长】

2.问题描述:本地安装部署AF2后,基本每个结构的预测时间都为30-40分钟(单体,序列长度30-50,使用samll_bfd),感觉有点慢,想问下使用AF2的人,一般运行每个结构都耗时多少?1.系统信息:Ubuntu 20.04的系统,Quadro P4000的显卡。

2024-04-25 15:28:59 100 1

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