mapping、bam结果提取、覆盖率、数据深度、序列拼接

提取比对到参考序列结果
samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam
配对比对
samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F.bam

#bam排序
samtools sort *.bam -o *.bam

bam转fq
bedtools bamtofastq -i * -fq *_1.fq -fq2 *_2.fq
samtools fastq NOf41_human-mapped.bam > NOf41_human_test.fq

fq转fasta
seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta

拼接
spades.py -1 *_1.fq -2 *_2.fq -o * --cov-cutoff 1.0 --trusted-contigs
spades.py -1 …/FQ/NOf41_human-mapped-sorted_1.fq -2 …/FQ/NOf41_human-mapped-sorted_2.fq --trusted-contigs …/REFRENCE/Human_sfb.fa -o NOf41_human

给出BAM文件的比对结果
samtools flagstat <in.bam>

统计
samtools stats --threads 10 …/NOf41_human.bam > NOf41_human.stats

覆盖率
bamdst -p chr1.region.bed -o sample samp.sort.bam

拼接质量
quast.py contigs.fa -o quast_out
多个比较
quast.py -o compare_spa_velvet ./SPAdesout_7942_new/contigs.fasta ./velvet_out/contigs.fa
根据出来的n50和max contig长度来判断拼接的效果