最佳绘画论文脑图工具「 BrainNet Viewer」 绘画脑图使用指北

BrainNetViewer是一个强大的Matlab工具,专用于神经网络可视化,支持多种数据格式。本文介绍了如何准备数据、安装、加载文件、调整视图参数以及导出脑图,为神经科学研究者提供了实用的可视化平台。

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简介

BrainNet Viewer 是一款神经科学领域的可视化软件,它是用于网络脑图可视化的Matlab工具箱,为用户提供了一个灵活的环境来显示3D神经影像数据。通过BrainNet Viewer,研究人员可以轻松展示不同的数据,比如功能和结构连接、体积渲染、以及脑皮层表面数据等。

软件特点主要包括:

  • 显示脑网络的节点和边
  • 支持多种数据格式,例如NIfTI和MAT文件
  • 允许同时呈现体素和表面数据
  • 提供3D交互式脑图和多种视角
  • 易于使用且有丰富的用户指导文档和社区支持

使用方法大致如下:

  1. 准备数据:确保已将脑网络数据、结构性/功能性MRI数据等准备妥当,并转换成软件支持的格式。

  2. 安装:下载BrainNet Viewer软件,并在MATLAB环境中运行安装脚本(如果有的话)或将BrainNet Viewer的文件夹添加到MATLAB的路径中。

  3. 启动软件:在MATLAB命令窗口直接输入 BrainNet 来启动BrainNet Viewer。

  4. 加载文件:在软件界面加载相应的脑图文件。这些文件可能包括脑表面文件、节点文件、边文件等。

  5. 调整视图与参数:利用软件提供的各种工具和选项来调整节点和边的显示,例如改变颜色、大小和透明度等。

  6. 导出:调整完毕后,可以将你的脑图导出为多种格式的图像文件,如JPG、PNG或TIFF等。

安装

https://www.nitrc.org/projects/bnv/

  1. 在上面官方网站下载并解压后放入matlab的文件目录下
  2. 在 matlab 中设置路径
  3. 在 matlab 命令行输入 BrainNet 即可运行
    在这里插入图片描述

使用

  1. 点击左上角 File 中的 Load File
    在这里插入图片描述
  2. 点击 Browse 选择对应文件,注意下载后的 BrainNetxxx 工具包中的toolbox有可以直接运行的示例文件 Suface file、node file、edge file、Mapping file 都有,可以直接选择运行
  3. 选择好文件点击 OK 后,进行到参数设置页面,在这个页面可以进行各种参数的详细设置,比如选择什么样的节点展示,颜色等等
  4. 点击 OK 后进行绘画,点击保存按钮可以导出为想要的格式
### 使用Matlab BrainNet Viewer工具包绘制 #### 安装与配置 为了使用BrainNet Viewer工具包,需先下载并解压该工具包到工作目录下。确保路径已正确设置以便调用函数。 #### 数据准备 在绘制之前,准备好所需的数据文件非常重要。通常情况下,这些数据来自于神经影像学研究中的激活强度值或其他形式的大区域属性测量结果。假设有一个包含大节点及其对应权重的矩阵`weightMatrix`作为输入[^1]。 #### 调用绘函数 通过加载预定义模板和自定义颜色映射来创建视觉上吸引人的热表示。下面是一个简单的例子展示如何利用此工具箱实现这一目标: ```matlab % 加载必要的库 addpath('Path_to_BrainNet_Viewer_Toolbox'); % 将工具箱添加至MATLAB路径中 % 初始化参数设定 templateFile = 'Colin.nii'; % 大结构模板像文件名 coordFile = 'coords.txt'; % 坐标位置文本文件名 (X Y Z) valueVector = weightMatrix; % 权重向量, 可能来自统计分析的结果 % 创建一个新的figure窗口用于显示形 figure; % 开始绘制过程 bnvDraw(templateFile, coordFile, valueVector); % 设置其他可视化选项如视角调整等... view([90 0]); % 设定初始视点方向 colormap jet; % 应用色彩渐变方案 colorbar; % 显示颜色条辅助理解数值范围 title('Brain Heatmap Visualization Using BrainNet Viewer'); ``` 上述脚本展示了基本的工作流程,即定要使用的模板片、坐标文件以及代表各节点重要性的权值列表。之后调用了`bnvDraw()`命令完成实际渲染操作,并设置了若干额外特性以增强最终呈现效果。
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