SimpleITK使用——5. dicom转nifti，获取dicom的meta信息

已于 2023-05-30 16:20:56 修改
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分类专栏： 医学影像 # ITK 文章标签： python 开发语言
于 2022-09-28 14:15:36 首次发布
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本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Castlehe/article/details/127087613
这篇博客介绍了如何使用SimpleITK将DICOM系列转换为NIFTI格式，并展示了从DICOM文件中读取元信息的方法。文章通过实例解释了转换过程，强调了元信息在不同工具间的一致性，以及如何利用pydicom库获取更易读的元数据。最后，讨论了图像显示的方法，包括将图像转换为numpy数组并使用matplotlib展示，以及SimpleITK的内置显示功能。

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批量将DICOM文件转换为NIfTI文件使用ITK
ZoMaster的博客
10-06 379
在某些情况下，我们可能需要将DICOM文件转换为NIfTI格式，以便在不同的医学图像处理和分析软件中使用。通过安装ITK库并使用其中的函数和类，我们可以读取DICOM文件并将其转换为NIfTI格式，以便在不同的医学图像处理和分析软件中使用。我们将遍历输入文件夹中的每个DICOM文件，并将其转换为NIfTI文件。我们需要指定包含DICOM文件的输入文件夹和将保存NIfTI文件的输出文件夹的路径。为了批量转换DICOM文件，我们将上述代码封装在一个函数中，并在输入文件夹中遍历所有的DICOM文件。
数字图像处理 基于python读取DICOM、NIfTI格式医学图像文件
学以致用 知行合一
08-26 966
医学图像标注最重要的进步之一是应用机器学习来评估图像，以实现更精确、更快、更准确的医学诊断。在应用机器学习 (ML)、人工智能 (AI) 或任何其他诊断算法之前，您需要知道注释软件可以处理两种最常见的医疗和保健图像文件格式，包括 DICOM 和 NIfTI。对于医学图像，数据类型会产生巨大的差异。与其他图像文件格式（例如 JPEG、PNG）不同，医疗保健专业人员需要查看更多细节，因此原始数据需要采用能够揭示人体、器官和大脑各层的格式。
SimpleITK学习（二）图像读取
weixin_30765577的博客
03-08 2830
通常我会用simpleitk来读取dicom文件，主要是为了将dicom文件转换为numpy矩阵，便于输入神经网络，读取dicom文件可分为两种情况，一.单独的dicom文件 二.一系列dicom文件，前者只是一张切片，通常是X光片，后者是很多张切片，合在一起通常代表CT图像。 一. 读取dicom文件 file = sitk.ReadImage(filepath) 获取基本信息，...
1.单序列批量.dicom转.nii文件
xiaoheijiayoubbs的博客
07-14 468
如何批量把影像数据DICOM转化为nii.gz
医学图像格式转换 -- .dcm转为.nii.gz
weixin_40051325的博客
02-25 1万+
注： 代码主要根据 dcm2nii.多张dcm 文件转换成nii等其他格式的存储。 进行函数整合，感谢原作者！ #coding=utf-8 import SimpleITK as sitk def dcm2nii(dcms_path, nii_path): # 构建dicom序列文件阅读器，并执行（即将dicom序列文件“打包整合”） reader = sitk.ImageSeriesReader() dicom_names = reader.GetGDCMSeriesFileName
chatgpt赋能python：Python实现从DICOM转换为NIfTI格式的方法
shengcaiy123的博客
06-20 464
本文由chatgpt生成，文章没有在chatgpt生成的基础上进行任何的修改。以上只是chatgpt能力的冰山一角。作为通用的Aigc大模型，只是展现它原本的实力。对于颠覆工作方式的ChatGPT，应该选择拥抱而不是抗拒，未来属于“会用”AI的人。🧡AI职场汇报智能办公文案写作效率提升教程 🧡专注于AI+职场+办公方向。下图是课程的整体大纲下图是AI职场汇报智能办公文案写作效率提升教程中用到的ai工具。
DICOM格式和NIFTI格式的医学图像如何转换？
10-26
DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) 和 NIFTI (Neuroimaging Informatics Technology Initiative) 是两种常见的医学成像文件格式，用于存储和传输医学图像。将DICOM转换为NIFTI格式，一般需要...
使用4. 使用 PYTHON 替代方案（无需命令行），输出了DICOM medical imaging data
最新发布
07-11
- 引用[5]提到在深度学习中常将DICOM转换为NIfTI，我们可以使用SimpleITK或dicom2nifti（需要安装）库来实现，但注意dicom2nifti可能需要调用命令行，所以我们可以使用SimpleITK来避免命令行。 4. 可视化：使用...
能否提供一个将DICOM (DCM) 文件转换为NIFTI (NII) 格式的Python代码示例？
12-10
当然，要将DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）文件转换为NIFTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）格式，你可以使用`pydicom`库来读取DICOM文件，然后使用像`nipype`这样的...
Python读取dicom文件
HPC_ZY
09-15 8565
Python语言，利用SimpleITK和pydicom读取dicom文件。 由于工程需要，学习了python读取dicom和nii格式文件，这里分享利用SimpleITK和pydicom读取dicom文件的方法。
python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)
12-23
1. 用SimpleITK读取dicom序列： import SimpleITK as sitk import numpy as np img_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\original\\\\1' mask_path='F:\\\\dataset\\\\pancreas\\\\Output\\\\thick\\\\groundtruth\\\\1' reader = sitk.ImageSeriesReader() img_names = reader.GetGDCMSeriesFileNames(img_path) reader.SetFileNames
nifty gui手册
12-14
nifty gui 手册，初学者入门必看。
医学图像格式转换.从dcm到jpeg
09-01
医学图像格式转换.从dcm到jpeg.基于C++格式的编程
xiangruili/dicm2nii:NIfTI 转换、可视化和转换工具-matlab开发
05-31
DICOM 到 NIfTI 的转换，NIfTI 工具
单序列批量DICOM转换为NII文件的ITK方法
WunApplescript的博客
09-22 302
在某些情况下，需要将DICOM文件转换为NII文件以便于后续的处理和分析。本文将介绍使用ITK（Insight Segmentation and Registration Toolkit）库来实现将单序列批量DICOM文件转换为NII文件的方法，并提供相应的源代码和描述。通过这种方法，我们可以方便地将单序列批量DICOM文件转换为NII文件，以便于后续的图像处理和分析。以上代码中，我们遍历DICOM文件夹中的每个DICOM文件，并将其加载到一个3D图像对象中。替换为您希望保存NII文件的路径。
使用ITK进行图像文件格式转换
CodeNexus的博客
08-22 226
接着，我们需要指定要读取和写入的文件路径以及文件名。假设DICOM格式的图像存储在“DICOM_Path”路径下，并且我们需要将其保存为“Nifti_Path”路径下的“result.nii.gz”文件。在医学图像处理领域，常常需要将不同的图像文件格式进行转换。ITK是一个强大的图像处理开源库，它支持多种图像文件格式的读取和写入，同时提供了许多图像处理算法。接下来我们将介绍如何使用ITK进行图像文件格式的转换。最后，需要注意的是，ITK库支持多种图像格式的读取和写入，具体使用方式可以参考官方文档。
SimpleITK 和pydicom, 读取dicom序列
96夜猫子
06-08 395
SimpleITK pydicom 读取序列脚本
【SimpleITK教程】SimpleITK读取Dicom序列
热门推荐
JianJuly的博客
07-26 1万+
医学图像数据常用的格式为dcm或者nrrd。 下面的教程展示，如何读取一个包含多张切片的dicom序列，并将其转换为单个3D的dcm文件 import SimpleITK as sitk # Dicom序列所在文件夹路径（在我们的实验中，该文件夹下有多个dcm序列，混合在一起） file_path = "/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219...
Python SimpleITK 将dicom数据转为nii.gz
Along1617188的博客
11-09 2741
import SimpleITK as sitk import numpy as np import os import shutil def format_conversion(work_path): ''' :params work_path: work dir path ---root --sud_dir(fixed dir)
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