plink基本参数使用方法

最新推荐文章于 2025-05-31 13:00:00 发布

要遭打断腿

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分类专栏：生物信息文章标签：生物信息

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本文介绍如何利用PLINK软件进行基因型数据的预处理，包括设置样本ID，过滤高缺失率的基因型，以及移除超出设定阈值的变异体和样本。通过具体命令行示例，展示如何操作和调整参数以提高数据质量。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

–double-id causes both family and within-family IDs to be set to the sample ID

过滤genotype高missing rate

plink --noweb --bfile chr22 --keep-allele-order --geno 0.5 --set-me-missing --make-bed --out chr22.nomendel

–geno filters out all variants with missing call rates exceeding the provided value (default 0.1) to be removed, while --mind does the same for samples.
–keep-allele-order

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Linux下plink软件使用方法,#软件工具#解密GWAS的利器--Plink 使用解析

weixin_28993425的博客

05-10

2962

GWAS全基因组关联分析，近年来一直为研究的热点，不管是研究复杂疾病或是遗传育种，均有广泛的用途。但是GWAS的数据动辄上千的样本数据，如何对这庞大的数据进行分析？这里我们介绍一个强大的工具--PLINK的使用方法。1. 数据准备Plink的输入文件及格式原始文件：ped和map文件二进制文件：bed、bim、fam等拓展的格式：ped文件、tped、tfam等其中ped文件包含了基因型信息，一个...

plink 使用手册

02-04

基因型数据的数据格式转换,plink是一个免费的全基因组关联分析，其分析的基础是基因型数据和表型数据，通过整合gplink和Haploview，使的结果可视化。（PLINK (1.07) Documentation 英文）

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笔记 GWAS 操作流程2-4：哈温平衡检验

邓飞----育种数据分析之放飞自我

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# Delete SNPs which are not in Hardy-Weinberg equilibrium (HWE). # Check the distribution of HWE p-values of all SNPs. plink --bfile HapMap_3_r3_8 --hardy # Selecting SNPs with HWE p-value below 0.00...

【plink 和vcftools使用】从 VCF 文件中提取指定 SNP 的 REF/ALT 方法

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jxm的博客

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vcftools。

plink源码_plink参数说明

weixin_29342901的博客

01-14

631

Plink: command-line connection utilityRelease 0.67Usage: plink [options] [user@]host [command]("host" can also be a PuTTY saved session name)Options:-V print version information and exit 打印版本信...

Plink 开源项目使用教程

gitblog_00455的博客

08-21

496

Plink 开源项目使用教程 1. 项目的目录结构及介绍 Plink 项目的目录结构如下： plink/ ├── README.md ├── bin/ ├── conf/ ├── docs/ ├── lib/ ├── logs/ ├── src/ │ ├── main/ │ │ ├── java/ │ │ └── resources/ │ └── test/ │ ...

Plink的进阶使用方法（未完成）

永远想不起来更新的博客

12-15

2443

之前写了Plink常用命令总结是对Plink的一些基础命令的简单记录，经过一段时间的使用，也写了一个使用Plink对SNP数据进行质量控制的简单pipeline的记录，现在再做一些总结，就称为Plink的进阶使用方法吧。提取一段位置区间的所有SNP plink --bfile sample --extract range myrange.txt --recode --out rang 合并Plink格式文件 plink --file sample1--merge sample2.ped sample2.

plink使用方法

03-11

#### 基础使用方法要启动与远程服务器的安全 Shell (SSH) 会话，可利用如下基础语法： ```bash plink [options] [user@]host command ``` 其中 `command` 表示希望在远程机器上运行的具体指令；如果省略，则默认...

Plink命令行参数全解析：远程操作效率翻倍提升技巧

本文首先介绍了Plink的基本概念和应用场景，随后详细阐述了其基础命令的使用技巧，包括命令行参数、远程连接认证和文件管理等。文章进一步探讨了Plink的高级功能，例如脚本执行、自动化任务、日志记录和性能优化。...

plink1.9 远程使用

01-20

### 使用 Plink 1.9 实现远程服务器连接与命令执行 #### 远程连接配置为了通过 Plink 1.9 建立到远程服务器的安全 Shell (SSH) 连接，需确保本地计算机已安装 PuTTY 工具包中的 Plink 应用程序。Plink 支持多种...

如何运行plink软件--三种方法

邓飞----育种数据分析之放飞自我

06-08

1万+

有小伙伴问我：同样的问题还有：你以为plink软件像word或者Excel一样？或者你以为plink软件像Python或者R语言一样？它只是一个软件，一个只能在命令行添加参数的软件，没有图形界面，没有快捷方式，不能用鼠标点击的软件。现在我提供三种方法，来运行plink软件。首先是下载软件：https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/ 下载到本地，解压即可。比如windows系统，解压下如下：很多人都是先在windows键找到cmd，然后再进入相关文件夹，其实有个简单的方法：

plink命令行工具

07-24

当使用google上网查资料的时候，这时候的代理将是一个不错的选择；当然前提是你有一个ssh的server. 工具用法看压缩包中的注解。

plink软件下载及常用命令

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putty中的plink.exe功能和用法

嘿！没错，我是李先生

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1万+

plink对于自动化的执行命令和工作非常有好处。plink可以让我们直接在命令行制定好命令，然后执行，完成后自动关闭session。用法： 1>进行DOS界面,切换到Putty目录中，输入:Plink 2>出现命令提示： -P 指定服务器端口,这里是大写P; -l 指定以哪个用户身份执行命令； -pw 指定用户密码； -i keyfile指定私钥文件; -m file...

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plink 命令

dragon_cdut的博客

02-18

3717

plink参数说明 Plink: command-line connection utility Release 0.67 Usage: plink [options] [user@]host [command] ("host" can also be a PuTTY saved session name) Options: -V print version in...

plink.exe 控制linux,windows下使用plink实现全自动登陆ssh

weixin_30564897的博客

05-18

3756

ssh是什么？ssh是一个安全通道协议plink是什么？plink是这个通道协议的一个实现。怎么用？首先您得有个ssh帐号(至于怎么得，看你自己啦)其次，把plink下载到桌面后，把下面内容保存为ssh.bat，运行之[bash]@echo offplink -C -v -N -D 7070 -l 用户名 -pw 密码服务器名[/bash]说明：* 换成相应的信息，参数之间是有个空格的。* -...

plink2.0和plink1.9的忧伤笔记

邓飞----育种数据分析之放飞自我

12-01

4317

虽然plink2.0已经存在好久了，但是一直用的都是plink1.9，因为语法熟悉。更主要是plink2.0语法变动太大，害怕步子迈得太大了……今天看一下plink2.0的读入和输出数据常用参数，plink2.0用是不会用的，2022年都不会用！！！但是碰到bgen，pgen数据进行转化为bed，bim，fam文件，然后用plink1.9使用的想法还是有的，而且很大！！！本篇目的：使用plink2.0软件将下面格式随便输入、输出。

plink常用命令

weixin_46413311的博客

03-20

1571

【代码】plink常用命令。