之前写了Plink常用命令总结是对Plink的一些基础命令的简单记录,经过一段时间的使用,也写了一个使用Plink对SNP数据进行质量控制的简单pipeline的记录,现在再做一些总结,就称为Plink的进阶使用方法吧。
提取一段位置区间的所有SNP
plink --bfile sample --extract range myrange.txt --recode --out rang
合并Plink格式文件
plink --file sample1--merge sample2.ped sample2.map --recode --out merge
提取某一条染色体的所有SNP
plink --file sample --chr 19 --recode --out chr19