问题表现
使用毕昇编译器构建Gromacs,编译选项和链接选项如下:
"-mcpu=tsv110 -O3"
在make构建的过程中遇到的undefined reference问题如下:
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `f90_str_copy_klen'
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `__pd_powi_1'
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `f90_strcmp_klen'
/usr/bin/ld: ../../lib/libgromacs_mpi.so.4.0.0: undefined reference to `__ps_powi_1'
原因分析
首先运行"make -j 1 VERBOSE=1"找到出错的具体命令,大致如下:
mpicxx ... somefile.cpp -lgromacs_mpi
由于libgromacs_mpi.so.4.0.0含有毕昇Fortran编译器构建出来的函数,而mpicxx没有链接对应的库,导致符号找不到。__pd_powi_1
是libpgmath.so(在BiSheng 2.3.0之后改为libbsmath.so)的函数,f90_str_copy_klen
和f90_strcmp_klen<