GAMIT/GLOBK软件安装及各类报错解决方案

Astrophel_Stella

已于 2024-05-16 11:02:37 修改

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文章标签： linux

于 2024-05-10 22:53:20 首次发布

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/Astrophel_Stella/article/details/138685040

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软件介绍

GAMIT/GLOBK是由麻省理工学院、哈佛-史密森天体物理中心（CfA）、斯克里普斯海洋研究所（SIO）和澳大利亚国立大学开发的一个综合GNSS分析包，用于估计台站坐标和速度、地震后变形的随机或函数表示、大气延迟、卫星轨道和地球定向参数。

作为一款开源软件，GAMIT/GLOBK提供了多种系统的支持，包括常见Linux发行版和MacOS等。而对于Windows，则需要使用Linux子系统或虚拟机。

由于软件开发年代较为久远，历史包袱较重，在最新的MacOS Sonoma上安装未免存在诸多问题。本文将结合安装步骤及常见报错，介绍GAMIT/GLOBK软件的基础安装方法。

安装信息

软件版本：GAMIT/GLOBK 10.71
操作系统：MacOS Sonoma
gcc版本：Apple clang version 15.0.0 (clang-1500.1.0.2.5)
gefortran版本：GNU Fortran (Homebrew GCC 13.2.0) 13.2.0

安装过程及问题解决

开始之前，首先应获取GAMIT/GLOBK软件源码包，GAMIT/GLOBK源码不区分系统，仅在编译时略有不同。

创建安装位置

在适当的目录新建文件夹，将GAMIT/GLOBK软件源码包拷贝入该文件夹，文件结构如下图所示：
在这里插入图片描述

开始安装

打开终端，切换至该目录，为install_software.sh赋予执行权限并执行编译操作：

cd ./gamit10.71
chmod +x install_software
sudo ./install_software

此时，输入y确认，脚本自动执行解压缩操作，将所有文件解压，随后询问是否要查找XQuartz相关依赖包安装位置——此时，可以选择查找（y）或不查找（n），无论选择何种选项均不会影响后续安装，安装脚本也会自动退出。

脚本退出后，来到./gamit10.71/libraries/Makefile.config文件夹下，找到约77行位置，将默认路径X11LIBPATH和X11INCPATH注释掉，在下方一系列路径中找到本机系统，Mac选择约90行处的Specific for Mac OS X and macOS，解除下面两行路径的注释,如下所示：

# Specific for Mac OS X and macOS
X11LIBPATH /usr/X11/lib
X11INCPATH /usr/X11/include

按照官方教程，此时可以回到终端，执行

sudo ./install_software

继续安装。如果此前依赖包使用了旧版本gfortran和gcc，则此处可以按照官方文档进行。如果使用了新版编译器，则需继续修改Makefile编译文件，否则会出现如下错误：(不想看具体错误的可以跳至“额外修改”部分)

错误一：

Error: Type mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (INTEGER(2) / INTEGER (4)).
make: *** [com_lib. a (get_value.o)] Error
Failure in make_gamit -- install_ software terminated

出现该错误的原因是：新版本gfortran已经淘汰了一些不安全的特性，
解决方案：使用 gfortran 10 或更高版本时，取消注释 libraries/Makefile.config 和 gamit/solve/Makefile.generic 中“FFLAGS”的定义，并在后方加入-fallow-argument-mismatch。
原理分析：FFLAGS是编译文件中预留的选项更改变量，可以通过改变该变量为Fortran语言编译过程设置参数。

错误二：

gfortran: error: unrecognized command-line option '-fast'; did you mean '-Ofast'?

gfortran: error: unrecognized command-line option '-Mnobackslash'; did you mean '-fno-backslash'?

gfortran: error: unrecognized command-line option '-Msave'
make: *** [com_lib.a(sd_compbd.o)] Error 1

Failure in make_gamit -- install_software terminated

该原因较为奇怪，猜测原因是官方提供的Makefile中存在语法错误，该错误仅在Mac系统安装时会出现。如果大家知道真实原因欢迎分享。

解决方法：来到libraries/Makefile.config约364行，找到Mac编译设置，将FFLAGS修改为：

FFLAGS = -O3 -Wuninitialized -fno-f2c -ffast-math -fno-automatic -fno-backslash -m64 -fallow-argument-mismatch

原理分析：gfortran不存在参数-fast，-Mnobackslash和-Msave，修改后的为标准用法。

错误三：

getdir _gftn.c:77:8: error: call to undeclared function 'fnmatch'; ISO C99 and later do not support implicit function declarations [-Wimplicit-function-declaration]
if ((fnmatch(wild, direntp->d_name, 0)) = 0) {

出现该错误的原因是：使用了隐式声明，而新版本gcc编译器已不再支持。简单来说就是C语言调用函数时未声明头文件
解决方案：在libraries/Makefile.config找到CFLAGS，并添加-Wno-implicit-function-declaration忽略隐式声明报错。（或更加安全的方式：为所有报错的文件添加所需头文件，不建议）

错误四：

Error: Rank mismatch between actual argument at (1) and actual argument at (2) (rank-1 and scalar)
make: *** [solve_lib.a(covbln.o)] Error 1
Failure in make_gamit -- install_software terminated

出现该错误的原因是：新版本gfortran已经淘汰了一些不安全的特性，
解决方案：使用 gfortran 10 或更高版本时，取消注释 libraries/Makefile.config 和 gamit/solve/Makefile.generic 中“FFLAGS”的定义，并在后方加入-fallow-argument-mismatch。

错误五：
使用 Ubuntu 系统编译时提示 x1000.h 头文件存在 multiple definition 重定义错误；

原因：x1000.h 中定义了若干变量，编译生成.o 链接文件时多个代码文件均调用了该头文件，使得一个变量被定义多次。
解决方案：为 x1000.h 头文件中报错的变量添加 Static 修饰，添加 Static 后作为全局变量，只会被编译一次，避免了重复定义错误。

额外修改

对于使用了新版编译器的MacOS计算机，为防止出现以上错误，需对libraries/Makefile.config和gamit/solve/Makefile.generic两个文件进行以下修改：

来到libraries/Makefile.config文件约369行位置，将下面两个变量修改为：

CFLAGS = -g -m64 -Wno-implicit-function-declaration
FFLAGS = -O3 -Wuninitialized -fno-f2c -ffast-math -fno-automatic -fno-backslash -m64 -fallow-argument-mismatch

来到gamit/solve/Makefile.generic约第8行，修改变量为：

FFLAGS = -O3 -Wuninitialized -Wunused -fno-f2c -ffast-math -m64 -fallow-argument-mismatch #gftn

修改完成后，回到终端，执行

sudo ./install_software

即可顺利完成安装。如出现其他报错（Error），可参考以上错误解决思路进行解决，绝大部分问题都是由于编译器版本的更迭所造成的。

环境变量设置

出现如下页面代表安装已完成：
在这里插入图片描述

输入y自动生成环境变量添加代码，复制后打开~/.zshrc粘贴复制的代码。（无该文件的自行创建即可，详细可参阅关于Mac环境变量的设置相关文章）

例：路径需修改为本机安装位置

PATH="/Users/[username]/gamit10.71/opt/gamit10.71/com:/Users/haoyuwu/gamit10.71/opt/gamit10.71/gamit/bin:/Users/haoyuwu/gamit10.71/opt/gamit10.71/kf/bin:$PATH"; export PATH
HELP_DIR="/Users/[username]/gamit10.71/opt/gamit10.71/help"; export HELP_DIR

全部操作完成后，新建终端窗口，输入doy,如正确输出，则安装成功。