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RSS订阅原创 Rstudio换皮：自定义彩虹括号与缩进线
RStudio从1.2版本开始支持用户自定义主题，提供了两种格式选择：tmTheme和rstheme。tmTheme格式tmTheme是一种基于XML的主题描述格式，最初由TextMate文本编辑器引入。在RStudio中，当添加tmTheme文件时，系统会先将其转换为rstheme格式再保存到本地。rstheme格式rstheme是基于CSS的主题格式，专为RStudio设计。虽然可以直接从头编写rstheme，但由于包含大量生成值，建议通过修改现有rstheme或从tmTheme转换而来。
2025-05-18 18:15:12
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原创 论文作者和单位太多？如何快速整理和修改
所以我简单写了一个R函数，实现从整理好的作者-单位表格中自动生成符合规范的作者-单位 Rmarkdown文件，然后点击一下knit就可以生成对应的word文件，上标也不需要自己手动设置。但现在的研究更多都是交叉性质的，可能会涉及到很多课题组合作，一些大的研究可能还会有几十个作者和单位，比如下面一篇cell，一页纸都写不完。SCI论文投稿时，我们要整理好作者和对应的单位，一般用数字上标对应下面的单位信息，然后用一些特殊符号如“#，*”来代表贡献相同的作者或者通讯作者。一次手打完，不改了就还好，
2025-05-06 22:06:23
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原创 Critical Care: ICU医护人员肠道抗生素耐药基因显著增加
这项多中心研究揭示了ICU医护人员肠道ARG丰度和微生物群多样性的显著升高，提示职业暴露可能是重要驱动因素。
2025-05-04 15:15:41
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原创 宏基因组分箱（binning）｜4. DAS Tool优化binning结果
DAS Tool是一种自动化方法，能够整合多个已有的分箱算法的结果，生成优化的、非冗余的高质量的bins。
2025-04-24 10:34:59
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜7.网络模块分析
模块（module）或社区（community）是指网络中连接更为紧密的子图结构，这些模块通常代表功能相关的节点群组。
2025-04-20 16:15:14
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜6.网络拓扑指标分析
网络拓扑（Network Topology）是指网络中节点与边的连接模式所呈现的全局或局部结构特征。
2025-04-20 16:14:55
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原创 SQLite使用基础以及在R中操作数据库
在生物信息学分析中经常会碰到db文件，掌握数据库的基本操作，不仅有助于数据存储，还能提高数据查询和处理的效率。
2025-04-13 20:36:26
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原创 MetaNet：多组学网络分析工具｜1.基础介绍
网络分析是各种组学数据分析的重要组成部分，我在生信学习过程中写了个R包MetaNet用于多组学网络分析，这里先简单介绍一下。
2025-04-11 00:43:58
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原创 功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
木质纤维素（lignocellulose）是一种由纤维素（cellulose）、半纤维素（hemicellulose）、果胶（pectin）和木质素（lignin）等聚合物组成的复合物，生物体通过多种方式降解木质纤维素。
2025-03-20 11:04:26
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原创 容器（Docker & Singularity）使用入门
Docker和Singularity作为两种主流的容器解决方案，在生信领域得到了广泛应用。
2025-03-10 11:37:53
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原创 BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
BGC Atlas从公开数据集中识别并聚类BGCs，为探索和分析宏基因组中的BGC多样性提供了便捷的工具。
2025-02-26 23:32:24
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原创 宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
这篇文章将介绍一个较新的binning流程：BASALT及其具体使用方法。
2025-02-18 16:12:37
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原创 使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
Qiime2物种注释可真慢呀😂，赶紧找了Kraken的替代方法，Kraken用于16S是现成的。但是ITS的Unite数据库需要自己构建，自己折腾了一下解决了。
2025-01-15 00:10:52
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原创 生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
通过将从当前可用的基因组和 MAG 中识别的大规模全球 BGC 集合作为数据源，BiG-FAM 提供了可探索的微生物次生代谢多样性“图集”，以浏览和搜索跨类群的生物合成多样性。
2025-01-08 13:34:04
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原创 扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
扩增子（Amplicon）分析是研究微生物群落组成与功能的核心方法之一，这里学习并搭建一下自己用的比较舒服的流程。
2025-01-06 23:31:22
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原创 iPhylo 生成并绘制优美的分类树（物种+化学）
iPhylo 是一个免费的用于生成，注释和可视化分类树的在线网站，可以绘制物种，化合物和其他层级结构的各种树图并方便地添加复杂注释信息。
2025-01-02 17:42:55
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原创 巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
巨型病毒的发现是生物学上最引人注目的突破之一，其衣壳与某些细菌一样大，具有Mbp范围的基因组和通常仅在细胞生物中发现的各种特征。
2024-12-02 15:03:16
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原创 微生物学名-中文名称转换（可批量）
对于微生物研究，虽然平时我们用的都是正式的拉丁学名，但有时我们还是需要查阅一些相关生物的正式中文名称（有时候还需要大批量的转换），方便做中文的展示或者写中文论文使用。
2024-11-20 22:46:34
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原创 一些有趣的绘图R包
R语言是平时统计分析，科研绘图的利器，除了很多非常严肃标准的可视化外，还经常可以看到一些非常有趣的绘图R包，不得不佩服开发者们的创意。
2024-10-13 13:37:10
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空空如也
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