生信数据库
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介绍生信分析中常用的数据库
Asa12138
浙大博士生，生物信息学专业，分享科研代码，经验。推文一般很长，努力将一个问题讲全面，感谢你的耐心阅读。
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生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
通过将从当前可用的基因组和 MAG 中识别的大规模全球 BGC 集合作为数据源，BiG-FAM 提供了可探索的微生物次生代谢多样性“图集”，以浏览和搜索跨类群的生物合成多样性。原创 2025-01-08 13:34:04 · 1182 阅读 · 0 评论 -
KEGG更新（2024.12）|作为现实世界模型的生物系统数据库
KEGG数据库的最近一些重要的更新原创 2024-12-21 01:04:10 · 906 阅读 · 0 评论 -
功能基因预测/注释通用工具
一些常用的功能基因预测/注释通用工具介绍。原创 2024-09-09 09:35:24 · 2290 阅读 · 0 评论 -
GTDB基因组分类数据库及GTDB-Tk工具
GTDB（Genome Taxonomy Database）是一个基因组分类学数据库，旨在提供高质量的细菌和古细菌等分类信息。GTDB-Tk 是一个软件工具包，用于根据GTDB对细菌和古细菌基因组进行客观分类。原创 2024-05-22 21:17:05 · 3886 阅读 · 0 评论 -
上传测序数据至ENA数据库
把测序原始数据上传至ENA数据库是常见的项目需要。在此以双端fastq测序文件的提交流程为例，讲解具体步骤。原创 2024-05-19 21:00:36 · 2250 阅读 · 2 评论 -
使用antiSMASH数据库及软件分析微生物组
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微生物组的生物合成基因簇（BGCs）分析
生物合成基因簇（biosynthetic gene cluster，BGC） 是一类非常重要的基因集合类型，随着高通量测序技术和生物大数据处理工具的快速发展，直接从宏基因组（metagenome）中探索BGC的策略已经越来越成熟。原创 2024-05-07 15:56:18 · 3936 阅读 · 0 评论 -
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抗生素抗性基因（ARGs）是指存在于细菌或其他微生物基因组中的基因，使它们具有对抗生素的抵抗能力。ARG被视为是一种新出现的生物污染物，是宏基因组研究的重要方面，这里介绍常用的rgi软件进行分析。原创 2023-05-24 23:47:30 · 6596 阅读 · 1 评论 -
KEGG 数据库及API (2)
KEGG是一个广泛使用的生物信息学数据库，用于研究基因组、代谢组、信号通路和生物化学反应等方面的信息，这里就要介绍非常重要的操作：通过api查询和下载KEGG数据库内容。原创 2023-08-17 14:41:26 · 1546 阅读 · 1 评论 -
KEGG 数据库及API (1)
KEGG是一个广泛使用的生物信息学数据库，用于研究基因组、代谢组、信号通路和生物化学反应等方面的信息，这里介绍一下数据库的主要模块。原创 2023-08-17 14:39:09 · 4932 阅读 · 1 评论 -
常用扩增子数据库
扩增子测序是一种主要用于研究微生物群落结构的分子生物学技术，需要用到的数据库主要有Greengenes，SILVA和RDP等。原创 2023-12-15 17:01:47 · 1131 阅读 · 0 评论