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RSS订阅原创 DiffDock分子对接模型的部署和使用
部署DiffDock模型时需要使用GPU服务器，本文操作均在AutoDL上租用的RTX 4090D服务器进行。需要准备的数据：蛋白质pdb文件；蛋白质序列；小分子sdf文件（可以从PubChem数据库下载提前。
2025-08-05 12:00:49
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原创 零基础小白调用AlphaFold2预测蛋白质结构
mmseqs2_uniref_env” 用 MMseqs2+环境序列（最全，推荐单体用）；需要所预测蛋白序列Fasta文件，5XHJ蛋白已经有了准确的结构，我们可以将其进行预测后，与实际的结构进行比较，来判断AlphaFold模型的预测准确性。“0” 不循环（低质量）；输入要预测的蛋白序列，直接粘贴氨基酸序列，如果是多条链，中间用“|”分割。：“chain”按链上色；
2025-07-14 15:17:57
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原创 零基础ProteinMPNN模型部署及蛋白质序列设计
生成的新序列的数量为10条，序列温度为0.1，越低表示越保守，置信度越高，一般设置为0.1,0.25,0.3等0-1之间，越高生成的结构越不稳定；首先打开服务器，并切换到自己的工作目录，新建一个环境取名为mpnn，激活环境。接下来安装环境依赖的两个包，去软件包的官网上查找安装的官方代码，筛选（橙色）你需要的安装代码。以上为简单的无条件生成序列，ProteinMPNN还可以根据残基偏好、省略氨基酸、固定位置等方式进行更高级的蛋白质设计，代码可在ProteinMPNN/helper_scripts/中找到。
2025-07-10 22:13:12
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原创 零基础操作linux系统——小白版（入门级绘制系统发育树）
如果没有对应的环境，则需要自己创建环境，并下载需要用的软件。创建环境：mamba+create -n+环境名称；下载需要的软件包：mamba+install+软件名。激活环境mamba+activate+环境名称（mamba是conda的一个加速器，功能是一样的，如果服务器下载的是conda就把命令中的mamba替换为conda）切换到自己的工作路径,使用命令cd+空格+工作路径（工作路径设置与激活环境无前后顺序，都可以）找到自己的工作路径，拖动文件上传，右击“创建目录”为创建新的文件夹。
2024-10-31 11:39:26
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原创 linux常用命令 小白版入门级（不断更新）
linux加载python命令行,首先进入包含python的环境，（就是直接使用python语言）进入；来保存并退出编辑器。当您按下该快捷键时，您将看到提示消息询问是否要保存文件。如果想要大段执行脚本就要书写命令进文件内，用linux语言执行脚本,在。enter 退出然后，您将被带回到命令行界面。加载环境,超算服务器，室服务器。编辑器中，使用快捷键。查看服务器上的所有环境。
2024-09-11 22:05:48
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空空如也
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