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微生物宏基因组学研究揭示了肠道微生物对人类健康的重要影响，通过宏基因组测序建立了人类肠道微生物基因目录，展示了大量细菌物种及其功能在肠道中的角色。数据开放性和可重复性对于微生物研究至关重要，而机器学习和生物信息学方法则为深入分析提供了工具。宏基因组学分析还揭示了微生物群落的动态变化与肥胖、炎症性肠病等疾病的关系，以及地理分布对菌群结构的影响。此外，通过组装和分析技术，可以对菌株水平的遗传多样性和种群结构进行深入研究，为理解和干预微生物组相关疾病提供新视角。
微生物宏基因组学论文摘要集锦
- 62. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing.
- 182. “Available upon request”: not good enough for microbiome data!
- 183. An integrated metagenomics pipeline for strain profiling reveals novel patterns of transmission and global biogeography of bacteria
- 184. Bioinformatic Approaches Reveal Metagenomic Characterization of Soil Microbial Community
- 185. Enhancing Metagenomics Investigations of Microbial Interactions with Biofilm Technology
- 186. Functional analysis of metagenomes and metatranscriptomes using SEED and KEGG
- 133. Inferring Aggregated Functional Traits from Metagenomic Data Using Constrained Non-negative Matrix Factorization: Application to Fiber Degradation in the Human Gut Microbiota
- 187. Machine Learning Meta-analysis of Large Metagenomic Datasets: Tools and Biological Insights
- 188. MetaComp: comprehensive analysis software for comparative meta-omics including comparative metagenomics
- 145. Metagenomic systems biology of the human gut microbiome reveals topological shifts associated with obesity and inflammatory bowel disease
- 58. Metagenomics meets time series analysis: unraveling microbial community dynamics
- 189. metaSPAdes: a new versatile metagenomic assembler
- 190. Microbial Community Profiling of Human Saliva Using Shotgun Metagenomic Sequencing
- 191. Microbial strain-level population structure and genetic diversity from metagenomes
- 9. Microbiome, Metagenomics, and High-Dimensional Compositional Data Analysis
- 157. SmashCommunity: A metagenomic annotation and analysis tool
- 167. The metagenomics RAST server – a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes
62. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing.
62.通过宏基因组测序建立的人类肠道微生物基因目录。
摘要：为了理解肠道微生物对人类健康和福祉的影响，评估其遗传潜力至关重要。这里，我们描述了基于Illumina的宏基因组测序，330万个非冗余微生物基因的组装和表征，来自124个欧洲人个体的粪便样品，从576.7千兆碱基序列中提取。该基因数据集大约是人类基因补充的150倍，含有绝大多数的流行（更常见）的群组微生物基因，可能包括大部分流行的人类肠道微生物基因。这些基因大部分是在群组中共享的。超过99％的基因是细菌，表明整个群组中存在1,000到1,150种流行细菌物种，每个个体至少有160种这样的物种，这也是大部分上共享的。我们定义和描述最小的肠道宏基因组和最小的肠道细菌基因组的功能方面分别在所有个人和大多数细菌存在。
据估计，我们体内的微生物总数有超过100万亿个，是人类细胞数量的十倍，而且它们的编码基因是我们人类自己的基因的100倍。大多数微生物生存在肠道，对人体生理和营养有着深远
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