【生信分析】Pathway Network Visualizer (PaNeV)

最新推荐文章于 2023-04-25 01:11:02 发布
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CC 4.0 BY-SA版权
分类专栏： 生物信息与统计分析 文章标签： 数据分析 生信分析 通路可视化 通路基因关联 基因组学与转录组学
原文链接：https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-020-3371-7
PANEV是一个R包，用于基于KEGG通路的网络可视化，帮助研究人员理解基因组和转录组数据。该工具允许用户创建一个多层相互连接的通路网络，以识别功能候选基因。PANEV适用于所有物种，提供交互式网络图形，易于与其它分析工具集成。通过简化数据挖掘过程，PANEV提高了研究效率，尤其在处理复杂生物学现象时。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

PANEV:一个基于路径的网络可视化的R包

PANEV: an R package for a pathway-based network visualization

Abstract

  • Background: 在过去的十年中，为了解决后基因组和转录组数据挖掘的挑战，开发了大量工具来创建、编辑和分析代谢途径。特别是，当考虑到一个复杂的现象时，创建多个相互关联的感兴趣的路径网络可能有助于研究潜在的生物学，并最终确定影响所研究性状的功能候选基因。
  • Results: PANEV (PAthway NEtwork Visualizer)是一个用于基于基因/路径的网络可视化的 R包工具集。基于 KEGG 上的可用信息，它可视化一个多层次(从1到 n)相互连接的上游或下游通路网络中的基因。网络图形可视化有助于解释一组基因的功能特征。
  • Conclusions: 该工具套件没有物种限制，可用于分析基因组或转录组的结果。使用者需要提供候选基因列表，指定调查所需的目标通路和相互连接的下游和上游通路(水平)的数量。该软件包可以在https://github.com/vpalombo/panev网站上下载。

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