【PaperReading】Navigating the pitfalls of applying machine learning in genomics.

基因组学中的机器学习陷阱：理解与应对
已于 2022-10-14 18:01:28 修改
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分类专栏： PaperReading
于 2022-01-19 08:30:00 首次发布
原文链接：https://www.nature.com/articles/s41576-021-00434-9#Sec1
本文探讨了在基因组学中应用机器学习时遇到的五个常见问题：分布差异、相关例子、混杂、数据预处理泄露和类别不平衡。这些问题可能导致模型性能的过高估计和误导性的生物学解释。为解决这些问题，作者提出了相应的解决方案，包括调整数据处理方法、识别和处理依赖关系、考虑混杂因素以及平衡数据集。文章强调了在基因组学中应用机器学习时，正确评估和调整模型的重要性。

机器学习在基因组学中的常见使用陷阱

Nature Reviews Genetics| 在基因组学中应用机器学习的常见陷阱

Navigating the pitfalls of applying machine learning in genomics.
原文地址：https://www.nature.com/articles/s41576-021-00434-9

1. 摘要

如今，遗传(genetic)、表观基因组学(epigenomic)、转录组学(transcriptomic)、化学信息学(cheminformatic)和蛋白质组学(proteomic)数据的规模，加上易于使用的机器学习(ML)工具包，推动了监督学习在基因组学研究中的应用。

然而，ML软件中 统计模型(statistical models) 和 性能评估(performance evaluations) 背后的假设在 生物系统(biological systems) `中常常不

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a method of displaying multiple HTML documents in the same browser window.
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One way to display multiple HTML documents in the same browser window is by using iframes. An iframe is an HTML element that allows you to embed another HTML document within the current document. To display multiple HTML documents using iframes, you can create multiple iframes within the same HTML document and set the `src` attribute of each iframe to the URL of the corresponding HTML document. For example: ```html <!DOCTYPE html> <html> <head> <title>Multiple HTML Documents</title> </head> <body> <h1>Multiple HTML Documents</h1> <iframe src="document1.html" width="100%" height="300"></iframe> <iframe src="document2.html" width="100%" height="300"></iframe> <iframe src="document3.html" width="100%" height="300"></iframe> </body> </html> ``` In this example, three iframes are created, each pointing to a different HTML document (`document1.html`, `document2.html`, and `document3.html`). The `width` and `height` attributes are set to 100% and 300 pixels, respectively, to ensure that each iframe takes up the full width of the browser window and has a fixed height of 300 pixels. You can adjust these values as needed. Note that using iframes to display multiple HTML documents may not be the most efficient or user-friendly approach, as it can lead to slower page load times and difficulty navigating between documents. Consider using other techniques like tabs or accordions to organize and display multiple documents in a more user-friendly way.
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