【Linux】生物信息学常用基本命令

wget+网址用于直接从网上下载某个文件到服务器，当然也可以直接从网上先把东西下到本地然后用filezilla这个软件来传输到服务器上。

当遇到不会的命令时候，可以使用man “不会的命令”来查看这个命令的详细信息。比如我想要看看ls这个命令的详细用法，可以写man ls，结果如下，按q退出

ls用于查看当前目录下有什么

其中ls是命令，-l也好，-h也好，都是命令的修饰，如果只写一个ls就只显示当前目录下的文件名，加上-l表示以列表的形式查看当前文件的详细信息，再加上-h表示简洁的显示出文件的大小，可以看到这里的文件是945M。

在Linux系统中，ls命令用于列出目录的内容。ls -alF命令是ls命令的一个变体，其中包含了几个选项：

• -a：表示显示所有文件，包括以点（.）开头的隐藏文件。
• -l：表示以长列表格式显示文件信息，包括文件权限、所有者、大小、最后修改时间等。
• F：这个选项会在文件名后添加一个字符以指示文件类型。例如，/ 表示目录，* 表示可执行文件。

综合来看，ls -alF命令会以长列表格式显示当前目录下的所有文件（包括隐藏文件），并为每个文件名添加一个指示文件类型的字符。这个命令还被Linux系统起了一个别名，叫做ll，我们可以使用alias命令来查看系统都给哪些命令起了别名，如图

如何找到一个文件的地址？实际上文件的地址=文件所在的文件夹地址+本文件的文件名，而使用pwd我们可以得到当前文件所在的路径，比如我现在有一个文件叫linux.tar.gz，我运行pwd将得到这个文件所在的文件夹，

则显然该文件的绝对路径就是/trainee/May4104/linux.tar.gz

有了文件的路径，就可以配合ls命令来显示一个指定文件的信息了。

实际上我们可以写ls -lh，与上面的ls -l -h是等效的。

rm用于删除文件，但不能删除文件夹，删除文件夹使用的命令是rm -r +要删除的文件名，那么如何来看要删除的是文件还是文件夹呢？答案是使用ls -l以列表形式展示当前目录的所有内容（实际上直接ll就行），第一列以'-'开头的就是文件，以d开头的就是文件夹。

有时候我们使用rm -r来删除文件夹的时候，系统会一直问说是否要删除这个文件，我们要回答yes或者no，如果要删的文件夹里面有100个文件，我们就要打100次yes或者no，此时可以使用rm -r -f 来强制删除。

小键盘的上下键用于翻阅上下命令，这个技巧非常有用，可以避免我们重复的输入代码。

先选中某个命令，然后ctrl+shift+c/v表示复制或者粘贴

ctrl+c表示终止当前正在执行的命令

清空屏幕可以使用命令clear或者直接ctrl+l

cd /工作路径 用于切换工作目录，如果不指定具体工作路径只是有一个/，就是切换工作路径到根目录，也就是最大的目录，如果连/都没有，那就是切换到家目录。在Linux中有很多特殊路径有特殊的符号来表示，比如/表示跟目录，~表示家目录，一个点表示当前目录，两个点表示上一级目录。当然如果是上上级目录就是两组上级目录，也就是../..

建文件夹的命令是mkdir

拷贝的命令是cp，比如我想要把linux.tar.gz这个文件拷贝到文件夹workspace中去，就可以写cp ,ll workspace就可以看见workspace下就变成了这样子。

cp命令还有一种用法，比如cp linux.tar.gz 123 其中123其实是不存在的一个文件夹，但是仍然能拷贝，此时这个命令的意思就是把 linux.tar.gz拷贝一份并命名为123

移动文件的命令是mv，比如要把linux.tar.gz移动到morkspace中去就写mv linux.tar.gz morkspace 注意是先写要移动的文件，再写把这个文件移动到哪里去。

mv也有另一种用法，比如cp linux.tar.gz 123 其中123其实是不存在的一个文件夹，那么其实这句命令的意思就