Linux及生物信息学习记录

作为一个生物信息方面方面的初学者，今天和大家分享一下自己学习的过程及学习中遇到的问题。一方面为了能借此回顾自己所学内容，另一方面也借此与其他初学者交流。

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我最初的学习分为三大部分，一是对Linux命令的基本学习，二是基因组学，转录组学等知识的学习，目前是进行的是基因组学的学习，包括测序技术的发展及测序的原理，测序主流程的构建，测序相关软件的使用。三是相关英文文献的阅读。

在这里我就直接简单的总结一下我看了什么，具体的内容大家可以关注我以后的博文。

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linux 命令的基本学习

1.档案的三个类别owner，group，others 及其权限的划分。
1.1 更改文件权限的操作
2.Linux 系统下目录的划分及各目录所存放文件的类型。

3.Linux文档常见的类型及Linux中各文件扩展名所代表的意义。
4.对目录的操作
切换 显示 路径 移动 创建 删除
5.对文件和文本的基本操作
文件的显示读取 cat head tail more less
文件的写入编辑
文本编辑器vi,vim的使用
文本的合并
文本的比较，查找，替换
sed,cut等命令
6.管道符号’|‘与定向输出’<’,’>’
7.正则表达式的使用 grep
8.软件的下载解压安装命令
几种常见的压缩形式

9.环境变量的配置
绝对路径与相对路径
几种常见的环境变量
10.软连接与硬链接 ln
11.服务器上文件上传与下载和对服务器上文件进行远程操作

基因组的学习

一、基因组测序技术的发展
二、关于FASTA和FASTQ两种文本格式
三、数据的质控
四、BAM与SAM的关系
五、主流程的构建
六、质控软件的使用