HemaScopeR安装报错记录

HemaScopeR/INSTALL.md at main · ZhenyiWangTHU/HemaScopeR (github.com)

最近需要安装HemaScopeR，根据安装教程安装了一下。

我使用的命令语句是：

install_github(repo="ZhenyiWangTHU/HemaScopeR",subdir = "/HemaScopeR", dep = FALSE)

#install_github：这是 devtools 包中的一个函数，用于从 GitHub 安装 R 包。
#repo="ZhenyiWangTHU/HemaScopeR"：这是 GitHub 仓库的地址，repo 参数指定了仓库的所有者和仓库名。在这里，所有者是 ZhenyiWangTHU，仓库名是 HemaScopeR。
#subdir = "/HemaScopeR"：这是可选参数，指定仓库中的子目录。这个参数告诉 install_github 函数在仓库的 /HemaScopeR 子目录中查找 R 包的源代码。
#dep = FALSE：这是可选参数，dep 参数决定是否安装依赖包。设置为 FALSE 表示不安装依赖包。

安装过程

1. 从 GitHub 下载包：install_github 函数会从指定的 GitHub 仓库下载包的源代码。
2. 进入指定子目录：进入 subdir 指定的子目录 /HemaScopeR。
3. 安装包：在该子目录下找到 R 包的源代码并进行安装。

总结

这句代码用于从 GitHub 仓库 ZhenyiWangTHU/HemaScopeR 的 /HemaScopeR 子目录安装一个 R 包，但不会安装该包的依赖包。你可以通过 dep = TRUE 来安装依赖包

然后就报错了，报错说没办法在GitHub上安装未知的包，没有找到这个包。具体报错信息如下：

问题出现在subdir = "/HemaScopeR"，我将这个参数删掉，安装命令修改成：install_github(repo="ZhenyiWangTHU/HemaScopeR", dep = FALSE) 之后报错显示说有两个依赖包没有安装，我手动使用install.package()函数安装了install.packages("kableExtra")，install.packages("transport")
然后使用命令：library(devtools)
install_github(repo="ZhenyiWangTHU/HemaScopeR", dep = FALSE) ，就安装好了。

在 GitHub 上，每个仓库（repository）都是一个独立的项目，可以包含多个文件和文件夹。仓库的目录结构通常由项目的需求和组织方式决定。以下是 GitHub 仓库的目录分布情况以及子目录和根目录的概念：

根目录（Root Directory）

根目录是仓库的顶级目录，也就是仓库的起始目录。当你打开一个 GitHub 仓库时，首先看到的就是根目录中的内容。根目录通常包含一些项目的重要文件和文件夹，如：

• README.md：项目的简介和使用说明。
• LICENSE：项目的许可证文件。
• .gitignore：Git 忽略的文件列表。
• src/、lib/、bin/ 等文件夹：存放源代码、库文件或可执行文件的文件夹。

子目录（Subdirectory）

子目录是根目录下的文件夹，用于组织和分类项目的不同部分。子目录可以包含文件和其他子目录。以下是一些常见的子目录：

• src/：存放源代码文件的目录。
• tests/：存放测试代码的目录。
• docs/：存放文档的目录。
• data/：存放数据文件的目录。

/MyProject
├── README.md
├── LICENSE
├── .gitignore
├── src
│   ├── main.py
│   ├── utils.py
│   └── submodule
│       └── helper.py
├── tests
│   ├── test_main.py
│   └── test_utils.py
└── docs
    └── index.md

• 根目录：/MyProject

  • 包含文件：README.md、LICENSE、.gitignore
  • 包含子目录：src/、tests/、docs/

• 子目录：

  • src/：包含源代码文件和一个子目录 submodule/
    • submodule/：是 src/ 目录下的子目录，包含文件 helper.py
  • tests/：包含测试代码文件
  • docs/：包含文档文件