UMLS—记录一些使用

UMLS参考手册

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK9676/

MetaMap

MetaMap是一个把生物医学文本与UMLS超级词表中的概念匹配起来的程序

MetaMap下载（需要UMLS许可）：

Main Downloadhttps://lhncbc.nlm.nih.gov/ii/tools/MetaMap/run-locally/MainDownload.html

官网上的安装教程：

Installation - MetaMaphttps://lhncbc.nlm.nih.gov/ii/tools/MetaMap/documentation/Installation.html

使用教程：

MetaMap 将文本（可以是文档、查询）映射（匹配）为来自 UMLS 元叙词的概念。文本通过一系列模块并分解为包括句子、短语、词汇元素和标记的组件。根据结果​​短语生成变体，并根据它们的短语检索和评估来自 UMLS 元叙词的候选概念。由此产生的概念以最好地覆盖文本的方式组织，称为最终映射。

（还是看官网上的好）

MetaMap 2009 Usagehttps://lhncbc.nlm.nih.gov/ii/tools/MetaMap/Docs/MM09_Usage.html

//输入输出文件可以不指定，默认标准输入输出。如果指定的化，必须位于最后两个参数
./bin/metamap [选项] [输入文件] [输出文件]

输入每个句子，分析得出结果。（我原本输入的一个个单词，但MetaMap将它自动认成一个句子。

 

三个UMLS的工具：

Metathesaurus：许多词汇表中的术语和代码，包括CPT®CPT®, ICD-10-CM, LOINC®, MeSH®, RxNorm, and SNOMED CT®

Semantic Network: 查找语义类型和它们只见语义关系的

SPECIALIST Lexicon and Lexical Tools: 一个自然语言处理工具

UMLS能够通过API程序访问原叙述词。

UMLS REST API Home Page

语义网络。

MetamorphoSys本地安装教程

UMLS - MetamorphoSys Help

使用UMLS API教程

https://www.nlm.nih.gov/research/umls/user_education/quick_tours/UTS-API/UMLS_REST_API_Authentication_API-Key.mp4