网络药理学：15、草稿暂存区

TCMSP

韦恩图在线网站

https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

String数据库参数详解：https://www.bilibili.com/video/BV1q64y1k7Zf?p=16&vd_source=aed4c634975918b14b7354ec93ce5389

David数据库可以用基因ID或者基因名。

KEGG数据库使用：https://www.bilibili.com/video/BV1q64y1k7Zf?p=18&vd_source=aed4c634975918b14b7354ec93ce5389

R语言和RStudio（R语言的开发环境）安装和下载

建议参考如下文章：
https://www.bilibili.com/read/cv26777416/

Cytoscape下载

见如下博客：
http://t.csdnimg.cn/vIYfj

注意:Cytoscape不建议下载3.10.x版本的，建议下载3.8.2版本的。因为前者的插件不再集成在软件内部了，需要自己额外去网站上下载到本地并导入，比较麻烦。

分子对接能量

文献里是小于-4代表有结合能力，小于-5结合性较强，-6还行，当然越低越好。

分子对接前选择合适的蛋白受体（基因名已知，选取合适的蛋白结构下载PDB格式文件）

X-Ray
不能太高也不能太低，太高的话分辨率比较低，看不清晰。太低的话很容易有残基缺损。一般≤2.5
POSITIONS是总长，一般选择长一点的。300左右的算较短，450算是合适。
尽量挑选structure区有小分子结晶的。

选择合适的蛋白受体

https://cloud.tencent.com/developer/article/1793665

b站：分子对接 - 怎么从PDB数据库选蛋白结构 https://www.bilibili.com/video/BV1E64y1Z77W

pH接近7

不推荐：

还行：

分子对接autodock补充事项

可以设置工作目录

autodock vina

autodock vina的步骤和autodock速通版的步骤都一样的。一直到16：49秒之后才是autodock vina。

这个视频，从


这个视频
结合来看

gromacs

1、在pymol里面打开autodock vina得到的pdbqt格式文件
或者pdb格式文件

看到的是配体的样子

2、再导入（去水去配体）的蛋白质的pdb格式文件

3、导出成complex.pdb格式文件

4、文本/记事本打开complex.pdb格式文件

HETATM开头的行都是小分子配体
ATOM开头的行都是蛋白质

5、将HETATM的行剪切出来到新的文本文件，命名为"unk.pdb"
剩余行的另存为一个新的文本文件，命名为"protein.pdb"

6、再将unk.pdb加氢之后转化为mol2格式文件（可以用Avogadro软件）

第3-6步可以转换为直接在pymol中选中配体，单独导出为mol2文件

gromacs 2022.2

gmx pdb2gmx -f your_structure.pdb -o processed.gro

gmx pdb2gmx -f your_structure.pdb -o processed.gro -ignh

-ignh是忽视水分子

输入1选择力场
再按1选择水模型
再回车

sort_mol2_bonds.pl unk.mol2 unk_fix.mol2
结果看到类似Found 80 atoms in the molecule , with 84 bonds即可

上来就要mdp文件，也不演示一下从哪里下载。

无人声，无讲解。

还未看的视频