NER的三种序列标注方法(BIO、BMES、BIOSE)

本文介绍了序列标注的基础概念及其应用场景,重点讲解了命名实体识别(NER)的重要性及其实现方法。包括实体边界识别和实体类别的确定,并详细阐述了几种常见的序列标注方法:BIO、BMES和BIOES。

序列标注

序列标注(Sequense Tagging)是NLP中最基础的任务,应用十分广泛,如分词、词性标注、命名实体识别、关键词提取、语义角色标注、槽位抽取(Slot Filling)等实质上都属于序列标注范围。

命名实体识别

命名实体识别(Named Entity Recognition,简称NER),是指识别文中具有特定意义的实体,主要包括人名、地名、机构名、专有名词等。

命名实体识别的作用

命名实体识别是信息提取、问答系统、句法分析、机器翻译、面向Semantic Web的元数据标注等应用领域的重要基础工具,在自然语言处理技术走向实用化的过程中占有重要地位。一般来说,命名实体识别的任务就是识别出待处理文本中的三大类命名实体(实体列、时间类、数字类)、七小类(人名、机构名、地名、时间、日期、货币、和百分比)。

命名实体识别的过程组成

1.实体边界识别;
2.确定实体类别(人名、地名、机构名或其他)

简述标签类型

进行命名实体识别时,通常需要对每个字进行标注,中文为单个字,英文为单词、空格分割。标注标签类型如下表所示
类型:说明
B:Begin,代表实体片段的开始
I :Internediate,代表实体片段的中间
M:Middle,代表实体片段的中间
E:End,代表实体片段的结束
S:Single,代表实体片段的单个字
O:Other,代表字符不为任何实体

实体识别常见的序列标注方法:

1.BIO:标识实体的开始、中间和非实体部分
2.BMES:增加S单个实体情况的标注
3.BIOSE:增加E实体的结束标识

BIO-三位序列标注法(B-begin,I-inside,O-outside)

·B-X 代表实体X的开头
·I-X 代表实体X的中间或结尾
·O代表不属于任何类型的实体

样例

 我 O
 是 O
 李 B-PER
 果 I-PER
 冻 I-PER
 , O
 我 O
 爱 O
 中 B-ORG
 国 I-ORG
 , O
 我 O
 来 O
 自 O
 四 B-LOC
 川 I-LOC
 。 O

BMES-四位序列标注法(B-begin,M-middle,E-end,S-single)

·B 表示一个词的词首位置
·M 表示一个词的中间位置
·E 表示一个词的末尾位置
·S 表示一个单独的字词

样例

我 S
 是 S
 四 B
 川 M
 人 E

BIOES-五位序列标注法(B-begin,I-inside,O-outside,E-end,S-single)

·B 表示开始
·I 表示内部
·O 表示非实体
·E 表示实体尾部
·S 表示该词本身就是一个实体

样例

我 O
 是 O
 李 B-PER
 果 I-PER
 冻 E-PER
 , O
 我 O
 爱 O
 中 B-LOC
 国 E-LOC
 , O
 我 O
 来 O
 自 O
 四 B-LOC
 川 E-LOC
 。 O

总结

从上面可以看出序列标注的各种方法 大同小异。

参考链接:https://blog.youkuaiyun.com/scgaliguodong123_/article/details/121303421

### 关于Bio标注工具Yedda的使用和特性 对于生物信息学领域内的注解工作,特定工具如 Yedda 提供了一系列功能来支持研究人员处理复杂的基因组数据集。然而,在现有参考资料中并未直接提及名为 "Yedda" 的具体工具[^1][^2][^3][^4]。 通常情况下,一个专业的生物注解平台应当具备如下几个核心特点: #### 数据导入与预处理能力 能够接收多种格式的数据输入,包括但不限于FASTA, GFF/GTF 文件等,并提供初步清理和转换服务以便后续分析。 #### 注释编辑界面 直观易用的图形化用户接口让用户可以轻松浏览序列特征并对其进行分类、标记以及添加描述性元数据。 #### 集成外部数据库查询 允许用户连接至公共可用资源库(例如NCBI Entrez Gene, UniProtKB/Swiss-Prot)检索相关信息补充本地记录。 #### 自动化批处理脚本支持 为了提高效率,优秀的软件应该兼容命令行操作模式,方便编写shell/python 脚本来实现大规模样本的一键式加工流程自动化。 ```bash # 假设这是调用某个假想中的Yedda CLI工具的例子 yedda-cli annotate --input=sample.fasta --output=result.gff --db-refseq ``` 由于缺乏针对 “Yedda” 工具的具体文档说明,上述介绍基于一般性的生物信息学注解需求构建而成。如果确实存在这样一个专门化的应用,则建议查阅官方手册获取最权威的操作指南和技术细节。
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