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RSS订阅原创 5.29singler安装
例如Bioconductor version 3.19 (Release)对应r版本4.4对应singler版本2.6.0。Bioconductor version 3.18 (Release)对应r版本4.3对应singler版本2.4.1。在上面找，不同的bioconductor版本对应不同包版本，celldex包就是7个引用数据集，不想下载。
2024-05-29 16:10:12
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原创 scmap运行过程
3.（参考数据集为自定义的数据集）从summarizedexperiment转化为singlecellexperiment对象。构建scmap-cluster 使用的参考文件，用于细胞类型注释。使用以上得到的ref_sce 对象来构建scmap-cell索引。基因名称位于列名为“feature_symbol”的列中。对象为seurat，转化为适合scmap使用的对象。将创建的标记基因加入到scmap挑选的基因中。查看scmap 挑选的基因是否发生了变化。scmap挑出信息量最大的基因。
2023-12-07 10:35:09
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原创 SCINA运行过程
报错1：Error in chol.default(theta[[i]]$sigma1) : 'a' must have dims > 0。报错2：Error in if (any(keep)) { : missing value where TRUE/FALSE needed。解决方法2：调整signatures，使每列最好保持20-50。解决方法1：rm_overlap=FALSE。解决方法：rm_overlap=FALSE。# 首先将其转换为矩阵。
2023-11-28 22:32:54
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原创 11.27日志Loading channels: \ ERROR conda.auxlib.logz:stringify(171): Expecting value: line 1 co1 (char
昨天对环境折腾了一番。
2023-11-27 10:12:30
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原创 11.26日志
最后把梯子关了，新建环境指定python版本不能太高conda create -n r python=3.10。1.一直处于solving enbironment，等了一晚上10个小时一直没有进行下一步，目前最大的问题就是包依赖匹配不上和get_matcher(556)都没有解决成功。conda update conda 都会报依赖有问题的错。在构建SCINA环境，下载r-essentials时，（中间设置了源strict，不要这样设置，很有问题）找到的解决方法都没什么用，1.将之前的环境都删了。
2023-11-26 23:09:39
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原创 singleR代码问题11.26
报错：Error in rownames(sc_data) : argument "sc_data" is missing, with no default。解决方法：升级singleR版本，到2.0.0以上。
2023-11-26 22:56:10
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原创 11.2将h5ad文件转换成seurat对象
但是用上面的方法会报错：Missing required datasets 'levels' and 'values'将h5ad.obs列的levels和values直接赋值给创建的pbmc h5seurat对象。赋值过程中，levels报错，values没错，也可以用于Seurat整个流程，不会报错。将h5ad格式文件转换为h5seurat格式文件，同时指定使用的assay为"RNA"注意：这里的两个FALSE，一定得是FALSE，这样不会报错。在R里面构建python环境，没试过。
2023-11-02 17:10:40
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原创 2023.11.1用conda安装R环境，并下载Seurat包过程记载
CC = home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/x86_64-conda-linux-gnu-cc前面加个位置。在/home/txb/miniconda3/envs/r-4.2/lib/R/etc/Makeconf文件中。报错2：x86_64-conda-linux-gnu-cc command not found。r- 开头，例如安装stingi包 conda install r-stringi。5.安装R包以 r- 开头，例如安装stingi包。
2023-11-01 20:29:24
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空空如也
空空如也
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