Cmap数据以及L1000介绍

本文介绍了Cmap数据库在基因表达谱分析中的重要性,引用了GEOCMapLINCS用户指南和CLUE扰动驱动基因差异表达数据库的相关资料,概述了这些工具在研究中的作用。

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Cmap数据库

CMap (Connectivity Map)是基于基因表达数据的数据库,用于药物发现和疾病研究。
  CMap是一个由Broad Institute创建的大型数据库,旨在通过基因表达模式的比较来揭示药物、基因敲除或其他生物学干预的细胞反应。其核心思想是通过测量不同化学物质、基因敲除、或小分子处理后的细胞基因表达数据,构建一个基因表达的“连接图”。研究者可以通过CMap查找某个基因或疾病状态的基因表达模式,并根据与已知药物或化合物的基因表达图谱的相似性,预测可能的治疗药物。

L1000的概念

  L1000是Broad Institute为支持CMap而开发的一个高通量基因表达数据采集平台,主要用于对大规模的细胞样本进行基因表达分析。L1000技术通过测量1000个代表性基因的表达水平,而不是测量全部20,000多个基因的表达,来快速捕捉到细胞反应的主要特征。这个平台是CMap项目的一部分,旨在降低高通量基因表达分析的成本,并提供有效的细胞反应签名。测了978个基因。

LINCS (Library of Integrated Network-based Cellular Signatures):

  LINCS项目是一个由NIH资助的研究计划,旨在整合和分析大规模的细胞反应数据,包括药物、基因敲除、疾病模型等。LINCS的目标是通过建立不同的细胞反应签名库,帮助揭示药物和疾病之间的关系。LINCS数据库包含了使用不同技术生成的细胞签名数据,其中也包括了L1000平台的数据。LINCS是CMap项目的一个更大范围的扩展,LINCS的数据库包含了CMap的内容,同时增加了更多的细胞类型、化合物和实验条件。
Connectivity Map LINCS 2020的数据网站:https://clue.io/data
  简而言之,L1000是CMap的技术平台,LINCS是一个包含CMap/L1000数据的更大范围的数据库,提供更丰富的细胞反应签名。

参考文献

[1]什么是基因表达谱分析及其相关概念
[2]GEO CMap LINCS User Guide v2.1
[3]CLUE:扰动驱动基因差异表达数据库

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