Cmap数据以及L1000介绍

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#基因组 #生物信息

于 2023-12-11 15:35:29 首次发布

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本文介绍了Cmap数据库在基因表达谱分析中的重要性，引用了GEOCMapLINCS用户指南和CLUE扰动驱动基因差异表达数据库的相关资料，概述了这些工具在研究中的作用。

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Cmap数据库

CMap (Connectivity Map)是基于基因表达数据的数据库，用于药物发现和疾病研究。
CMap是一个由Broad Institute创建的大型数据库，旨在通过基因表达模式的比较来揭示药物、基因敲除或其他生物学干预的细胞反应。其核心思想是通过测量不同化学物质、基因敲除、或小分子处理后的细胞基因表达数据，构建一个基因表达的“连接图”。研究者可以通过CMap查找某个基因或疾病状态的基因表达模式，并根据与已知药物或化合物的基因表达图谱的相似性，预测可能的治疗药物。

L1000的概念

L1000是Broad Institute为支持CMap而开发的一个高通量基因表达数据采集平台，主要用于对大规模的细胞样本进行基因表达分析。L1000技术通过测量1000个代表性基因的表达水平，而不是测量全部20,000多个基因的表达，来快速捕捉到细胞反应的主要特征。这个平台是CMap项目的一部分，旨在降低高通量基因表达分析的成本，并提供有效的细胞反应签名。测了978个基因。

LINCS (Library of Integrated Network-based Cellular Signatures):

LINCS项目是一个由NIH资助的研究计划，旨在整合和分析大规模的细胞反应数据，包括药物、基因敲除、疾病模型等。LINCS的目标是通过建立不同的细胞反应签名库，帮助揭示药物和疾病之间的关系。LINCS数据库包含了使用不同技术生成的细胞签名数据，其中也包括了L1000平台的数据。LINCS是CMap项目的一个更大范围的扩展，LINCS的数据库包含了CMap的内容，同时增加了更多的细胞类型、化合物和实验条件。
Connectivity Map LINCS 2020的数据网站：https://clue.io/data
简而言之，L1000是CMap的技术平台，LINCS是一个包含CMap/L1000数据的更大范围的数据库，提供更丰富的细胞反应签名。