
生信
卑微的打工人-为家里的医生打工。不懂生物,但是会写一些脚本。生信的东西太杂,怕忘,记录一下。
z2498249
这个作者很懒,什么都没留下…
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【代码】python转换sdpc格式到图片。原创 2024-02-17 14:03:14 · 1621 阅读 · 3 评论 -
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GEO简易生存分析原创 2024-01-26 15:56:39 · 691 阅读 · 1 评论 -
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医学生在显微镜下照的片子,zen导出后的排版原创 2024-01-26 10:08:32 · 467 阅读 · 1 评论 -
通过tcga下载的cart数据是错的,symbol.txt为空
今天通过网页下载的transcriptome profiling的gdc_download_20231004_135827.095314.tar.gz这种压缩包数据是错的,与metadata.cart.2023-10-05.json对应不上,导致merge.pl生成的symbol.txt为空。gdc-client.exe download -m .\gdc_manifest_20231005_050026.txt,这种方式去下载数据。原创 2023-10-05 13:19:34 · 377 阅读 · 0 评论 -
tcga的symbol数据区分lncRNA和mRNA
帮家里的医生做个数据,她之前买过一个叫做“148cuproptosis.rar”的code。第7节的07.biotype的code biotype.pl 失效了,生成的两个文件lncRNA.txt和mRNA.txt都是空的。我不想去搞perl了。我用python重新写了一段。原理就是比对symbol.txt和ann.tsv文件。2.在07.biotype文件夹下新建biotype.py,将code复制到文件中。3.打开cmd, cd到07.biotype文件夹。1.安装python3,之后打开cmd,原创 2023-06-29 16:41:19 · 994 阅读 · 12 评论