【报错解决】UserWarning： Selected implementation cpp is not available.

报错信息

运行程序的时候有警示信息，但并不影响程序的执行。报错如下：

/data/software/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.11/site-packages/google/protobuf/internal/api_implementation.py:110: UserWarning: Selected implementation cpp is not available.

根据 UserWarning: Selected implementation cpp is not available 信息搜索不到有用的解决问题的信息。

解决方法

根据网络搜索没有找到有用的信息，所以去 /data/software/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.11/site-packages/google/protobuf/internal/api_implementation.py 的第110行看一下具体什么代码出现的问题。

单独执行 try 语句的代码，结果如下：

>>> from google.protobuf.pyext import _message
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
ImportError: /data/software/miniconda3/envs/snakemake/lib/python3.11/site-packages/google/protobuf/pyext/_message.cpython-311-x86_64-linux-gnu.so: undefined symbol: _ZN6google8protobuf2io17SafeDoubleToFloatEd

根据新的报错信息显示 import 模块发生错误，有两种可能：1. 没有安装相对应的模块；2.模块之间存在冲突。
首先尝试将 protobuf 版本降级，但是依赖的 python 版本又不符合，只能重新安装环境。
在重新安装的过程中发现指定 channel 的顺序会影响依赖包的版本，比如最高优先通道指定为 conda-forge 安装的 protobuf 版本为 4.23.2，优先通道为 defaults 时安装的 protobuf 版本为 3.20.3。而 3.20.3 版本就是没有问题的。

$ conda create -c conda-forge -c bioconda -n snakemakeCO snakemake
$ conda activate snakemakeCO
$ conda list | grep protobuf
libprotobuf               4.23.2               hd1fb520_2    conda-forge
protobuf                  4.23.2                   pypi_0    pypi


$ conda create -c defaults -c conda-forge -c bioconda -n snakemakeDE snakemake
$ conda activate snakemakeDE
$ conda list | grep protobuf
libprotobuf               3.20.3               he621ea3_0
protobuf                  3.20.3                   pypi_0    pypi

我认为这个报错时由于版本之间兼容性导致的，但是我不清楚为什么 defaults channel 安装软件的兼容性更好。