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RSS订阅原创 decoupler注释细胞类型
使用decoupler时出现了两次报错1.matrix和array中的展平操作解决方案找到pre.py文件，将 A1改为flatten() 即可，详细解释可见https://blog.youkuaiyun.com/qq_45100273/article/details/1047292692.matrix和array的转换问题解决方案将method_ora.py文件中报错行的 .A 删除即可参考教程：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/p
2022-03-08 22:29:17
444
原创 RNA-seq数据分析
一、数据收集1.NCBI GEO数据库收集相关RNA-seq数据样本信息以及引用文献可以点击对应链接查看2.SRA Run Selector 查看数据单双端类型（SINGLE or PAIRED)及分组信息可以点击Accession List下载对应的SRR_Acc_List.txt二、RNA-seq 处理流程使用HISAT, StringTie and Ballgown处理流程<一>下载并解压SRA文件1.根据下载的SRR_Acc_List.txt下载原始sra文件至SRR
2022-03-02 12:34:03
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原创 Biopython---Sequence Handling
https://nbviewer.org/github/cgoliver/Notebooks/blob/master/COMP_364/L25/L25.ipynbhttps://www.youtube.com/watch?v=qQ7rIpB4oOw&list=PLfclbddrqrdmBioPythonSequence Handling3D StructurePopulation GeneticsBioPython.Seq#let's make a generic sequen.
2021-12-18 15:00:12
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原创 Biopython---part 1
PDBParser和MMCIFParserPDBParser 解析器读取pdb文件，使用p=PDBParser(参数)来构建一个PDB解释器.from Bio.PDB.PDBParser import PDBParserp = PDBParser()structure = p.get_structure(“mmdb_6LU7”,“mmdb_6LU7.pdb”)解释器对象有以下方法和属性:.get_structure(id,file) : 读取结构, 返回Structure对象. 可以用文件名
2021-12-18 14:30:37
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原创 文献阅读——AIDD
文献阅读Artificial intelligence in drug discovery: what is realistic, what are illusions? Part 1: Ways to make an impact, and why we are not there yet（一）药物发现中，质量决策比速度和成本更重要AI可以帮助更快地更具经济效益地进行决策（预测的成本要低于实验），并可以做出更好的决策（在合适的数据或模拟允许的情况下，决策会更好）。（二）当前的AI发展困境
2021-12-18 13:55:43
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空空如也
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