测序
文章平均质量分 78
承豆
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
专栏收录文章
- 默认排序
- 最新发布
- 最早发布
- 最多阅读
- 最少阅读
-
seqkit的使用说明1
Seqkit原创 2022-04-05 18:56:10 · 7335 阅读 · 0 评论 -
第四代测序技术(纳米孔测序技术)
第四代测序技术(纳米孔测序技术) 纳米孔测序技术(又称第四代测序技术)是最近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可以达到150kb。这项技术开始于90年代,经历了三个主要的技术革新:一、单分子DNA从纳米孔通过;二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制;三、单核苷酸的测序精度控制。 第四代测序技术是真正实现单分子检测和电子传导检测相结合的测序方法,完全摆脱了洗脱过程、PCR扩增过程。作为最有希望实现1000美元基因组甚至100美元基因组的技术,纳米孔技术具有超高读长、高通量、更少的测序时间原创 2022-03-27 14:53:37 · 8200 阅读 · 0 评论 -
三代测序的简介和原理
三代测序的简介 第三代测序技术是指单分子测序技术。DNA测序时,不需要经过PCR扩增,实现了对每一条DNA分子的单独测序。第三代测序技术也叫从头测序技术,即单分子实时DNA测序。第三代测序技术以PacBio公司的SMRT和Oxford Nanopore Technologies纳米孔单分子测序技为代表,与前两代相比,他们最大的特点就是单分子测序,测序过程无需进行PCR扩增。测序时代的发展技术原理第三代测序技术原理主要分为两大技术阵营:第一大阵营是单分子荧光测序,代表性的技术为美国螺旋生物(Hel原创 2022-03-26 17:17:00 · 14684 阅读 · 0 评论 -
二代测序的原理和简介
二代测序的简介 第二代测序(Next-generation sequencing,NGS)又称为高通量测序(High-throughput sequencing),是基于PCR和基因芯片发展而来的DNA测序技术。我们都知道一代测序为合成终止测序,而二代测序开创性的引入了可逆终止末端,从而实现边合成边测序(Sequencing by Synthesis)。二代测序在DNA复制过程中通过捕捉新添加的碱基所携带的特殊标记(一般为荧光分子标记)来确定DNA的序列,现有的技术平台主要包括Roche的454 FLX原创 2022-03-25 21:19:14 · 27593 阅读 · 0 评论 -
SRA文件的下载(prefetch)和解压SRA文件(fastq-dump)
sra文件下载方式NCBI-SRA和EBI-ENA数据库SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存大规模平行测序原始数据以及比对信息和元数据 (metadata) 的数据库,所有已发表的文献中高通量测序数据基本都上传至此,方便其他研究者下载及再研究。其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的,SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据,包括SRA主页和 E原创 2022-03-24 19:14:42 · 42921 阅读 · 4 评论 -
测序相关专有名词
测序相关知识原创 2022-03-22 18:26:15 · 3581 阅读 · 0 评论 -
一代测序:又称Sanger测序(多分子,单克隆)
第一代[DNA测序技术] (又称Sanger测序)在1975年,由Sanger等人开创,并在1977年完成第一个基因组序列(噬菌体X174),全长5375个碱基。研究人员经过30年的实践并对技术及测序策略的不断改进(如使用了不同策略的作图法、鸟枪法),2001年完成的首个人类基因组图谱就是以改进了的Sanger法为其测序基础。一代测序的原理是首先在模板中分别加入A、T、G、C和四种ddNTP双脱氧核苷酸(加入ddNTP序列合成会终止)。第一个加入ddATP,这样每一个位置上的A位置会大量的被ddATP替代原创 2022-03-23 19:57:05 · 21290 阅读 · 0 评论
分享