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RSS订阅原创 在笔记本上利用vsearch+userach+qiime2搭建流程
在笔记本上安装扩增子分析注释流程：usearch+vsearch+qiime2
2022-04-11 22:23:25
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原创 qiime2 学习 测序公司返回合并后的数据后续处理
参考：Alternative methods of read-joining in QIIME 2将样品送去测序公司进行双端测序后，测序公司返还的是去掉barcodes、primers，合并好后的测序数据的处理方式：qiime tools import \ --input-path fj-joined/manifest \ --output-path fj-joined-demu...
2019-07-17 08:35:23
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原创 qimme学习 三个示例的质控和特征表创建（Sequence quality control and feature table construction）
质控工具：DADA2, Deblur, basic quality-score-based filtering（任一个）产出文件：FeatureTable[Frequency] 特征表 每个样品里面每个唯一序列的个数 FeatureData[Sequence] 特征数据 每个样品里面的唯一序列，跟特征表对应示例1、方法1：DADA2...
2019-07-15 15:08:29
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原创 qiime2学习 三个示例的Demultiplexing sequences环节总结
1、"Moving pictures" tutorialsqiime demux emp-single \ --i-seqs emp-single-end-sequences.qza \ --m-barcodes-file sample-metadata.tsv \ --m-barcodes-column BarcodeSequence \ --o-per-sample-se...
2019-07-15 09:42:32
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原创 qiime2 学习 三篇例文的数据输入总结(开始到样品拆分之前）
1、“Moving Pictures” tutorial（单端）1.1、Obtain data filesmkdir qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial1.2、Sample metadatawget \ -O "sample-metadata.tsv" \ "https://...
2019-07-11 10:15:58
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空空如也
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