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本文介绍了如何使用PLINK软件将VCF文件转换为BED、BIM和FAM格式,并进一步将BED文件转换为PED和MAP格式。还提供了按SNP列表及家庭ID筛选并输出特定数据的方法。

摘要生成于 C知道 ,由 DeepSeek-R1 满血版支持, 前往体验 >

把vcf转成bed,bim,fam

plink --vcf [filename] --out [prefix]

把bed转成ped,map

plink --bfile [filename] --recode --tab --out [prefix]

按照snplist 和 family_id 输出

plink --vcf [filename.vcf] --keep family_id.txt --extract snplist.txt --make-bed --out [prefix]
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