24、可寻址反应隔室中的生产与计算及PORGY抽象机探索

可寻址反应隔室中的生产与计算及PORGY抽象机探索

可寻址反应隔室中的生产与计算

在可寻址反应隔室的研究中，我们可以按照特定程序生成整个波纹计数器：

C(clk) + F(clk, bit0) + F(bit0, bit1) + F(bit1, bit2)

这里省略了DNA标签。重要的是，具有复杂内部逻辑的隔室，如触发器 αF(x, y) 或时钟 δC(x) 可以作为通用库提供，而确定特定布线的容器，如 βT (clk, x) 仅包含一条内部和一条与表面相关的DNA链。

近年来，我们对化学和生物复杂性的理解取得了进展，同时可用于可编程生物和化学细胞快速模型原型设计的强大计算形式也不断涌现，这为计算科学开辟了一个新的前沿领域：算法活物质。新的理论工具和算法活物质的实际应用，有望基于“无处不在的可编程性”，即能够在各种环境中对各种规模的各种材料进行编程，引发计算科学的新革命。

PORGY：复杂系统的可视化建模工具

PORGY是一个可视化建模工具，系统通过战略图程序来定义。我们通过抽象机为战略图程序提供了操作语义，该语义指定了有效的转换步骤，为模型与PORGY中的实现之间建立了联系。

1. 简介

PORGY是一个基于端口图重写的可视化、交互式环境，用于复杂系统的规范、模拟和分析。端口图重写系统是图重写系统的一个通用类别，已被用于对各种领域的系统进行建模，如生化系统、交互网络、游戏和分形等。PORGY提供了一