TCGA数据下载：R包RTCGAToolbox介绍

最新推荐文章于 2025-06-13 11:08:53 发布
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#RTCGAToolb #R包 #TCGA

前面介绍了3种获取TCGA数据的方法：使用TCGA2STAT、TCGAbiolinks、RTCGA。这里再介绍一个包：RTCGAToolbox包，这个包是我最为推荐的，原因是我使用时它下载数据最快、最为稳定可靠。

RTCGAToolbox下载方法

## try http:// if https:// URLs are not supported
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("RTCGAToolbox")

帮助文档：
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/RTCGAToolbox/man/RTCGAToolbox.pdf

可下载的数据请参考帮助文档或博客TCGA2STAT。

案例介绍

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TCGA数据下载：R包TCGA2STAT介绍
求知：数据科学家之路
10-13 1万+
上期介绍了若干种获取TCGA数据的方法，今天这期会落点于TCGA2STAT这个R包的介绍上，一步步的来说明下载方法，哪些数据是可以下载到的。 R包的下载 install.packages("TCGA2STAT")选择如何的镜像，咱们在中国，就选择china，这样的话下载速度会很快，也容易安装R包成功。 可下载的数据 1、 RNASeq ，默认是count类型，是指下载raw read cou
TCGA数据下载：R包TCGA2STAT
肉夹馍的博客
09-17 512
BiocManager::install("CNTools") tcga2stat <- "https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/TCGA2STAT/TCGA2STAT_1.2.tar.gz" download.file(tcga2stat, destfile = "~/Downloads/TCGA2STAT_1.2.tar.gz") install.packages("~/Downloads/TCGA2STAT_
利用RTCGAToolbox在R语言环境下下载肿瘤数据库中数据
learn_python_的博客
11-20 2035
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从TCGA下载图像数据
wwy
06-13 353
点击DGC Apps，选择Data Transfer Tool ，下载对应工具，解压，并导入已下载的数据文件，使用./gdc-client download -m gdc_*****.txt -d out_directory 其中，-d out_directory用于指定输出文件即可开始下载数据。可以将筛选出的数据加入到Cart中，点击Manifest，下载准备要下载的数据文件。如果已有队列，点击文件夹查找自己的队列，1.登录TCGA数据库网站。
TCGA数据集介绍及数据下载
weixin_44192389的博客
06-07 9672
TCGA（The cancer genome atlas，癌症基因组图谱）由 National Cancer Institute(NCI，美国国家癌症研究所) 和 National Human Genome Research Institute（NHGRI，美国国家人类基因组研究所）于 2006 年联合启动的项目， 收录了各种人类癌症（包括亚型在内的肿瘤）的临床数据，基因组变异，mRNA表达，miRNA表达，甲基化等数据，是癌症研究者很重要的数据来源。File目录下包含七类，分别是：略Cases目录下包含1
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新版TCGA转录组数据整理——R语言（傻瓜式代码）
tcga数据下载_TCGA数据库免疫相关文件下载大全
weixin_39604276的博客
11-19 1086
本文首发于生信技能树公众号，直达链接是：https://mp.weixin.qq.com/s/-amtbxvk0mC2Nv-bwt1BeQ 2018年4月Immunity杂志上发表了文章The Immune Landscape of Cancer ，由34个单位共同合作完成。文章对TCGA中33种癌症，超过10,000个肿瘤样本进行了免疫原性分析，将所有肿瘤分成6种免疫亚型，即：wound he...
TCGA数据下载方法简介
求知：数据科学家之路
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学计算机的怎样分析TCGA数据库,开启数据挖掘之门：TCGA数据库入门必看！
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原标题：开启数据挖掘之门：TCGA数据库入门必看！ 喜欢我的都关注我了~在肿瘤研究领域，相信没有人不知道The Cancer Genome Atlas (TCGA)。TCGA是美国国家癌症研究所(National Cancer Institute)和美国人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute)共同监督的一个项目，旨在应用高通量的基因组分析...
tcga数据库下载
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R 语言中有多个包可以实现 TCGA 数据的下载，其中两个较为常用的是 `TCGAbiolinks` 和 `RTCGAToolbox`。 ##### **使用 TCGAbiolinks 包** 这是推荐的方法之一，因为其操作简单且功能强大。 ```r library...
TCGA数据下载和整理工具----GDCRNATools
高锦的博客
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TCGA数据下载：R包RTCGA介绍
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前几天去外地参加婚礼，中间耽误了好些时间，没能做好持续更新博客，感到罪过好大啊。想到自己始终以Scalers的持续迭代进步为导航准绳，这次中断了，做了蛮久的事又要重新再来。 根据博文 TCGA数据下载方法简介中的顺序J继续来介绍R包RTCGA包。 R包下载 ## try http:// if https:// URLs are not supported source("https://bio
TCGA的癌症名称，简写和中文名称
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lower grade glioma and glioblastoma GBMLGG 胶质细胞瘤。Kidney Papillary Cell Carcinoma KIRP 肾乳头状细胞癌。Lung Squamous Cell Carcinoma LUSC 肺鳞状细胞癌。Kidney Clear Cell Carcinoma KIRC 肾透明细胞癌。Kidney Chromophobe KICH 肾嫌色细胞癌。Head and Neck Cancer HNSC 头颈癌。
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最近一直在做生物信息有关的数据库，需要到TCGA上下载数据，就把TCGA和SangerBox上可以看到的癌症型的中英文以及缩写全部查找翻译对应列了出来，可能不太口语化或者专业，就简单理解吧。如下： 缩写 英文名称 中文名称 ACC Adrenocortical carcinoma 肾上腺皮质癌 BLCA Bladder Urotheli...
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【病理组学】跨尺度多实例学习用于病理图像诊断
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R怎么安装RTCGAToolbox包
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R怎么安装RTCGAToolbox包 R语言 TCGA 包下载 在前在网上也查了许多资料，但是都行不通，终于自己捣鼓下下来了这个包，分享给大家。 install.packages(“BiocInstaller”,repos=“http://bioconductor.org/packages/3.7/bioc”) source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”...
Python脚本下载TCGA大数据，非常简单，开放源代码
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前言 使用TCGA官方的gdc-client下载工具有时候很慢，经常会挂掉，那干脆自己写一个下载小程序。于是使用TCGA的API写了个下载TCGA数据的脚本，脚本也是需要下载manifest文件的。 环境 后期将改进，把程序打包成EXE，让没有python的同学也能用 环境：Python3.6 函数包： os pandas requests sys argparse signa...
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