TCGA数据下载方法简介

最新推荐文章于 2025-05-06 10:29:50 发布

原创

最新推荐文章于 2025-05-06 10:29:50 发布 · 2.2w 阅读

38 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#数据 #TCGA #R语言 #大数据

TCGA数据，指癌症测序数据，TCGA的全称为The Cancer Genome Atlas,癌症基因组图谱（TCGA）是美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）已生成的33种癌症的基因组的关键变化全方位，多三维地图之间的合作的TCGA数据集，其包含基因组数据的两个以上的PB的，已取得公开可用，以及该基因组信息有助于癌症研究界，提高预防，诊断，和治疗癌症。

自从2016年6月份去西安第四军医大学上了肿瘤培训的暑期学校，对TCGA数据的研究变开始了。莫名的觉得在这个领域可以做很多工作，贡献很多的力量。哈哈，TCGA数据蕴藏很多宝。

下面开始对TCGA数据的下载做介绍。对基因表达数据，可用于下载的是level 3 的，在官网http://cancergenome.nih.gov/ 已经不提供直接下载方式，目前见的多的是用API或data-transfer-tool，可惜两个我都不会。我想我只会R语言，应该高手开发出了类似的包来供科研者使用吧，果不其然，发现了好几个可以下载TCG的A数据的包。这些包我都做过实验，有些下载效果很好，有些下载不稳定，其中缘故不清，也许我的网络环境不好也是有可能的，现把我了解的都分享出来，其中好坏效果，当由你来实验判断。