AlphaFold2代码阅读（十二）

2021SC@SDUSC

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前言：接下来阅读all_atom.py，因为这里有非常重要的一个函数

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一、看代码

def frame_aligned_point_error(
    pred_frames: r3.Rigids,  # shape (num_frames)
    target_frames: r3.Rigids,  # shape (num_frames)
    frames_mask: jnp.ndarray,  # shape (num_frames)
    pred_positions: r3.Vecs,  # shape (num_positions)
    target_positions: r3.Vecs,  # shape (num_positions)
    positions_mask: jnp.ndarray,  # shape (num_positions)
    length_scale: float,
    l1_clamp_distance: Optional[float] = None,
    epsilon=1e-4) -> jnp.ndarray:  # shape ()

这个函数是用来测量不同路线下的点误差。 计算两个结构之间的误差，在 A 对齐下导出 B 点
从给定的帧对。并且根据提示这个函数对应着论文中的FAPE，后面我们再来看FAPE

下面对上述提到的参数进行解释：
pred_frames：‘pred_positions’ 的 num_frames 参考帧。
target