R语言【GIFT】——GIFT_species_distribution()：从GIFT清单中检索一个物种的分布。

Package GIFT version 1.3.2

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Usage

GIFT_species_distribution(
  genus = "Fagus",
  epithet = "sylvatica",
  namesmatched = FALSE,
  remove_overlap = FALSE,
  area_th_island = 0,
  area_th_mainland = 100,
  overlap_th = 0.1,
  by_ref_ID = FALSE,
  aggregation = FALSE,
  GIFT_version = "latest",
  api = "https://gift.uni-goettingen.de/api/extended/"
)

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Arguments

参数【genus】：与感兴趣的种的属相对应的字符串。

参数【epithet】：与感兴趣的物种的名称相对应的字符串。

参数【namesmatched】：逻辑默认为FALSE，如果您不仅希望在标准化的物种名称中查找物种，还希望在原始资源中的原始物种名称中查找物种，则将其设置为TRUE。

参数【remove_overlap】：是否要检索重叠的检查表的逻辑声明。默认为FALSE。

参数【area_th_island】：表示保持最小重叠多边形的曲面的一个数。默认设置为0平方公里(意味着默认情况下最小的岛屿将被保护)。

参数【area_th_mainland】：当两个多边形重叠时，可以保留最小或最大的一个。当最小多边形的表面超过这个数时，保留最小多边形。否则，我们保留较大的那个。默认设置为100平方公里。

参数【overlap_th】：一个从0到1的数字，表示应该保留多少重叠、部分重叠的多边形。

参数【by_ref_ID】：逻辑指示是否只应用ref_ID去除重叠区域。请注意，与来自同一资源的其他区域重叠的区域将被删除，即使这些区域有其他可用的引用。

参数【aggregation】：一个逻辑语句，说明您是否希望以更简单的方式聚合每个entity_ID的物种的植物区系状态。例如，与同一个entity_ID关联的两个列表可以将一个物种描述为本地物种和非本地物种。在这种情况下，聚合体将认为该物种是本地物种。对于入籍者和外国人则相反。

参数【GIFT_version】：定义要使用的GIFT数据库版本的字符串。该函数默认检索最新的稳定版本。如果设置为测试版，则使用最新的版本，该版本仍然可以进行更改和编辑。

参数【api】：定义从哪个API检索数据的字符串。

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Details

下面是每个data.frame及其列的详细信息：

ref_ID：参考文献的识别号

list_ID：清单的识别号

entity_ID：多边形的识别号

name_ID：分类统一前属的鉴定编号

cf_genus：是否属名不确定

cf_species：是否该物种的绰号是不确定的

aff_species：物种的绰号不确定

questionable：物种名称是否有问题

native：这个物种是本地的吗?

quest_native：土著地位有问题吗

naturalized：这个物种被归化了吗

endemic_ref：该物种在参考水平上是地方性的吗

quest_end_ref：地方性的refstatus有问题吗

endemic_list：该物种在列表级别是地方性的吗

quest_end_list：地方病名单的地位是否值得怀疑

genus：分类统一前的属名

species_epithet：分类统一前的称谓

subtaxon：分类协调前的亚种名称

author：在分类统一之前描述该物种的作者

matched：物种名称在分类主干上是否匹配

epithetscore：对昵称的匹配得分

overallscore：该物种的总体匹配得分

resolved：物种名称是否在分类学主干中得到解析

synonym：该物种在分类学主干上是同义词吗

matched_subtaxon：亚种名称在分类学主干上是否匹配

accepted：物种名称是否被分类主干所接受

service：用于分类协调的服务用途

work_ID：分类统一后的物种识别号

taxon_ID：分类群的识别号

work_genus：分类统一后属的鉴定编号

work_species_epithet：分类统一后的种名标识号

work_species：物种名称(经分类协调后)

work_author：描述该物种的作者(经过分类协调)

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Value

包含33列的数据框架。

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Example

ex <- GIFT_species_distribution()