weixin_73362123的博客

比对的目的就是“推本溯源”，把我们的reads比对到参考基因组上，利用Bowtie2或这BWA看看我们过滤后的reads能匹配到基因组的什么位置。–SPMR：这个选项启用单峰模型（Single Peak Model with Random shift），它通过在每个读段（read）的范围内随机移动读段的起始位置来减少局部聚集效应，从而更准确地检测峰。–broad：这个选项表示输出的峰可能是宽泛的（broad peaks），这通常用于检测如H3K27ac这样的组蛋白修饰，这些修饰往往覆盖较宽的基因组区域。

数据来源：https://ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

这种方法中提供了整个细胞群体的平均表达谱，也就是说基因表达水平代表的是整个细胞群体的平均水平，这对于在不同组织、条件或时间点之间鉴定差异表达基因非常有用。将细胞单个分离并提取其RNA。选择合适的测序样本、提取总RNA、富集非核糖体RNA、逆转录RNA为cDNA、构建片段文库、在高通量测序平台上进行测序、产生长度为30-300碱基对的单端或双末端读数、读数对比与组装、下游分析。Bulk RNA-seq无法区分个体细胞之间的基因表达差异，并且可能掩盖了罕见细胞群体、微小的转录差异或基因表达随时间变化的差异。

本次实操数据来自下面的文章，是量化环境葡萄糖对转录组的影响，比较低糖和高糖环境下胰岛转录组的变化，胰岛来源小鼠。

基因组重测序全流程(简易版)